家綱政権は、寛文印知に合わせて寺社条目（諸宗寺院法度・諸社禰宜神主（ねぎかんぬし）法度）を公布した。諸宗寺院法度は、宗派を超えて寺院・僧侶を統制する基本法となるもので、寛文五年（一六六五）七月一一日付の家綱朱印状「定」と同日付の老中連署下知状（げちじょう）「条々」の二通からなる（老中が連署して発給する条目（じょうもく）を下知状と呼ぶ）。
「定」は全九条からなり、各条の内容としては、①諸宗法式の遵守、②住持の一宗法式を知る義務と新義禁止、③本末の規式の遵守と本寺の末寺に対する理不尽な処置の禁止、④檀越の寺院選択権、⑤徒党・闘諍（とうじょう）や不似合（ふにあい）の事業の禁止、⑥国法違反者の身柄引き渡し義務、⑦寺院仏閣修復時の美麗禁止と仏閣の掃除、⑧寺領の売買・質入れの禁止、⑨むやみな出家の禁止、などが定められており、先例に背かないことも命じられた。
「条々」は全五条からなる付則であり、①僧侶の衣体（えたい）と仏事作善（さぜん）の儀式を分相応にすること、②檀那が建立した由緒を持つ寺院の住持については檀那が取り計らうこと、③金銀による後住（ごじゅう）契約の禁止、④在家を借り仏壇を構え利得を求めることの禁止、⑤従来からの妻帯（さいたい）（真宗など）を例外とし、寺院・坊舎に女人を抱え置かないこと、などが定められている。
　一方の諸社禰宜神主法度は、神社の禰宜・神主に対する統一的法度で、寛文五年七月一一日付の家綱朱印状「定」全五条として発布され、諸宗寺院法度と対応するものである。各条の内容だが、①神祇道（じんぎどう）を学び神体を知り神事祭礼を勤めること、②伝奏（てんそう）を介した位階昇進の継続、③無位の社人（しゃじん）（神職）は白張（はくちょう）（白布の狩衣（かりぎぬ））を着用し、その他の装束は吉田家（京都の吉田神社の社家）の許状（きょじょう）に準拠すること、④神領の売買・質入れの禁止、⑤神社破損時の修復と神社の掃除、などが定められている。そして②により有力神社は神社伝奏の公家を介して朝廷とつながることが保障され、③を根拠に吉田家は許状の発行を通じて神職への支配を拡大した。
　以上の寺社条目は、実際には寛文五年八月に江戸城でおもだった寺社に示され、同年一二月に諸大名へ伝達された。幕府の法度は、独自の身分としての寺社家のあり方を規定することとなった。