幕府は自らの支配秩序に順応しない宗教勢力、すなわちキリシタンと日蓮宗不受不施派（ふじゅふせは）の禁圧に乗り出した。ヨーロッパ勢力の日本への進出や、その中でのキリシタンと異教徒・寺社との対立を受け、幕府は慶長一七年（一六一二）以降、段階的にキリシタン禁制を推進した。同一八年には、以心崇伝が「伴天連（ばてれん）追放之文」を著して、二代将軍徳川秀忠に献上している（『異国日記』）。
　元和九年（一六二三）一〇月一三日、芝で五〇名のキリシタンが火刑に処せられた（松田監訳　一九九七）。その刑場と推定される地は、「元和キリシタン遺跡」として東京都指定旧跡に指定されている（図3－1－2－1）。

図3－1－2－1　元和キリシタン遺跡
三田三丁目

　元和九年の火刑以降も、江戸やその他の地域でキリシタンらの処刑が行われた。そして寛永一四年（一六三七）に勃発した島原・天草一揆（島原の乱）を経て、キリシタン禁制は一層強化され、檀那寺（だんなでら）の住持が宗旨・寺檀関係を証明する寺請（てらうけ）による宗門改（あらため）が、寛文期（一六六一～一六七三）にかけて全国的に確立した。江戸の町方においても、町奉行所の支配のもと、名主・月行事（がちぎょうじ）・五人組の連帯責任や寺請を伴う宗門改が徹底されたことがわかる（『江戸町触集成』一－二五八）。寺請による宗門改には、寺檀関係の形成を促す面もあった。このような禁制によってキリシタンが表向き姿を消すと、その実物をイメージすることが大部分の人々にとって困難になり、キリシタンはやがて異端的存在の代名詞（切支丹（きりしたん））となった（大橋　二〇一七）。