その後、元禄期（一六八八～一七〇四）に幕府は軌道修正を行う。すなわち、寛永八年（一六三一）までに建立された寺院が古跡で、翌年より建立された寺院が新地である旨が貞享五年（一六八八）四月に確認されるも（『御触書寛保集成』一一八〇）、元禄五年（一六九二）五月には、四代将軍徳川家綱の一三回忌の法事ということで、それまでの新地の寺社が免許となり、以後の分が禁止された（同一一八二）。
　のみならず、同年七月には、それまでの新地の寺院を古跡として扱うとしている（同一一八三）。もっとも、古跡になったからといって、潰れた状態の寺院を再興したり、庵室（あんしつ）を寺院に昇格させたりすることは許されず、それ以後の新地における寺院の建立も禁止された。実際には寺院などの建立が各地でやまない中、それとの摩擦や妥協を伴いつつ、幕府の統制が展開したのである（朴澤　二〇一七）。