最後に、本節二項で挙げた④の寺院・僧侶の格（等級）に関する制度について述べたい。公家の子弟が入寺する門跡寺院に見られるように、教団の最上層部が朝廷・公家社会とつながって寺院が序列化され、教団内部にも独自の寺院の序列が形成された。幕府や藩との間での寺院の格式もあった。また、朝廷から任じられる僧位（そうい）・僧官（そうかん）（前者は法印（ほういん）・法眼（ほうげん）・法橋（ほっきょう）、後者は僧正（そうじょう）・僧都（そうず）・律師（りっし））などの僧侶の格も存在する。色衣（しきえ）を着る権利や寺院住持としての在職も、僧侶の格を示す。
　ここで、浄土宗をはじめとするいくつかの事例に注目したい。まず慶長一三年（一六〇八）一一月、幕府の要請を受けて朝廷（後陽成（ごようぜい）天皇）は増上寺を勅願所（ちょくがんじょ）（朝廷の祈願を担う寺院）とし、住持が代々紫衣（しえ）を着ることを勅許した。当時の住持は源誉存応（げんよぞんのう）（慈昌（じしょう））であったが、彼は同一五年七月、幕府の要請を受けた朝廷から普光観智国師（ふこうかんちこくし）の称号を贈られ、御礼の挨拶に参内している。
　一方、京都の知恩院では慶長一四年に住持の満誉尊照（まんよそんしょう）（九華）が僧正・法印となったが、元和元年（一六一五）の浄土宗法度（本章一節二項参照）で宮門跡（みやもんぜき）が設置されたのを受け、同五年には後陽成天皇の第八皇子直輔親王（ただすけしんのう）が満誉尊照のもとで得度（とくど）し、初代門跡（良純（りょうじゅん）入道親王）となっている。直輔親王は元和元年に徳川家康の猶子（ゆうし）（形式的な家康の子）にもなっていた。このように、浄土宗では幕府とのつながりのもとで、知恩院・増上寺やその住持が朝廷と関わる格式を得ている。