文昭院霊廟の領域は、江戸中期としては稀に見る大規模な、石垣と土手による土木工事で形成された。当時の幕府手伝普請を担当した岡山藩池田家の記録によると、御成道に沿って石垣の土手を築き、霊廟入り口となる二天門とし、門正面の松原を切り開き、石垣による低い見附状の喰違いが造成された。二天門内の広場や本堂側との区画にも土手が築かれ、宝塔（墓所）の領域は、既存の桂昌院霊牌所と崇源院宝塔の墓域より上段の、地蔵山山頂を整地して造営された（図3－3－2－1）。新設の土手の土は、山頂に旧来からあった稲荷山を切り崩して用いたとみられる。下段の本殿領域から上段の宝塔領域に至る崖線の石垣と雁木（がんぎ）（階段）のため、大量の石材が増上寺松原に搬入され加工された。その原石数量は「御霊屋御用取木取石寄納高帳」によると「七千四百 八拾九本百坪五合」あまりの「御蔵石」、「八 千四百七拾弐本参拾坪五合」の「御買上石」であった。地業（地盤の整地）工事では、連日千人以上の人足や木遣師（きやりし）が集合し、正徳三年（一七一三）三月七日は一日だけで土木工事参加総数は二七 一一人であった（墓の発掘調査については、本章六節二項参照）。
図3－3－2－1 「増上寺新御霊屋之絵図」 ＊ （右が北）
岡山大学附属図書館所蔵 池田家文庫
このように文昭院霊廟は北廟形成の端緒となったが、丸山を含む自然地形を優先した南廟配置と異なり、接近する地蔵山の崖線を取り込む霊廟区域として、土手や石垣・急峻な階段などによって積極的に区画を創り出した。御霊屋の建築群も、勅額門（ちょくがくもん）に続く中門両側に翼廊を設け、拝殿までの一体感を強調するなど、密度の高い聖域を形成するものであった（図3－3－2－2、図3－3－2－3）。こうした境内造営に伴う江戸期の石垣の痕跡は、現在の芝公園の至るところに遺されている。また上述の普請記録から、建築技術においても、彫刻・錺金物（かざりかなもの）・漆・金箔など、より念入りとなっており、江戸後期の霊廟建築の深化をうかがうことができる（「文昭院様御霊屋御廟仕様帳」 ＊）。
図3－3－2－2 文昭院霊廟奥院（唐門と階段）
東京国立博物館所蔵 研究情報アーカイブズから転載 戦災焼失
図3－3－2－3 文昭院霊廟中門と翼廊
東京国立博物館所蔵 研究情報アーカイブズから転載 戦災焼失
文昭院霊廟を護る別当としては、墓所の後方に真乗院が営まれた。その建築も池田家が担当する幕府工事によるものであった。