「諸宗作事図帳」は、幕末期の江戸御府内寺院についての土地・建築申請書で、増上寺当該部分は明治二年（一八六九）に書き上げられた。幕末境内の最終形と言える。以下本項では、この増上寺部分を「諸宗作事図帳」と示し、『三緑山志』など古記録も参照しながら、山内寺院（支院）の作事や、また旧境内に現存し、江戸期の記憶を伝承する建造物等について紹介する。
「諸宗作事図帳」では、冒頭に「境内總坪、二拾壱万六千七百五十坪」と記され、当時の山内図が示される（図3－3－4－2）。続いて、方丈、子院と学寮、曼陀羅堂（まんだらどう）および地方（じかた）役所の作事図（敷地と間取り図）が収録されている。具体的な敷地境界寸法もあり、現代の街路と対照可能である。
図3－3－4－2 明治2年の増上寺山内図（右が北）
「諸宗作事図帳」国立国会図書館デジタルコレクションから転載
前節で示した境内の動向以後、方丈後方にあった三蓮社のうち岳蓮社（がくれんじゃ）が天保一五年（弘化元・一八四四）に境内北西の永井町側の空地へ、鑑蓮社（かんれんじゃ）が嘉永七年（安政元・一八五四）に南西の宝珠院と通元院の間に移動し、鑑蓮社跡地には、十二代将軍徳川家慶菩提のために曼陀羅堂が建立された。
『三縁山志』の山内類焼記録によれば、山内寺院（支院）の過半は一回以上焼失しており、明治二年当時は、江戸後期の建造物が中心となっている。
また寛文八年（一六六八）以降、本山級の大寺院を視覚的に差別化し、中小寺院の建築規模を制限するために、幕府が発令した「三間梁間（さんげんはりま）規制」についても、職掌によって遵守が異なる。
現在、尺貫法（しゃっかんほう）における「間（けん）」とされるものは、中世頃までは寸法ではなく、柱と柱のあいだの数を「〇間」と示して、建築規模を表現するものであった。この表記は木造の門の規模を示すものとして残っている（増上寺三門は「五間三戸」、すなわち柱間（はしらま）の数が五、通過できる扉部分が三、である）。
一方、江戸時代には寸法として「江戸間（えどま）」（一間＝一・八一八メートル）、「京間（きょうま）」（一間＝一・九六九メートル）など、地域によって基準が異なっていた。本項では、初出に概数として「三間（約五・四メートル）」と示し、以降は省略する。実際には常照院土蔵は江戸間、妙定院土蔵は京間であったことが調査から判明している。