近世の人類学的研究の特筆すべき点は、当時の人々の形質的な特徴が階層によって二極分化していたことである。江戸時代は徳川将軍家を筆頭とする将軍・大名などの支配階級と、町人や農民といった一般庶民などの社会的な身分と同様に、顔貌（がんぼう）などの形態学的特徴も二極分化していた。この違いを最初に言及したのは、東京大学の鈴木尚である。彼は、アジア・太平洋戦争後の大名墓改葬の際に観察される機会のあった人骨が、東京の下町から出土する近世人骨と著しく違いがあることに気が付いた。この見解を決定的にしたのが、昭和三三年（一九五八）に行われた、港区芝に所在する増上寺徳川将軍家墓所の改葬（本章六節二項参照）に伴う、徳川将軍ならびに正室・側室の人類学的調査研究である。
　頭骨に見られる徳川将軍一族の特徴は、極端に細い顔、幅が狭く高い鼻、ほぼ円形を呈する眼窩（がんか）、退化した上・下顎骨である。これらを備えた頭骨を貴族的形質として、将軍家特有の遺伝と環境的要因によって形成されたと考えた（図3－6－コラム－1）。将軍家特有の遺伝とは、似た形質を持った配偶者の選択による遺伝的セレクションであり、環境的要因のいちばんは柔らかい食物を摂取し続けたことによる咀嚼（そしゃく）器官の発育不全である。これらの傾向は御三家の尾張徳川家、仙台藩主伊達家、沼津藩主水野家、高遠（たかとお）藩主内藤家などの大名家でも、徳川将軍家には及ばないが、確認されている（鈴木　一九六七、 一九八五a・b）。

図3－6－コラム－1　徳川将軍家と江戸時代庶民の頭骨
左・中央は鈴木尚・矢島恭介・山辺知行編『増上寺徳川将軍墓とその遺品・遺体』（東京大学出版会、1967）から転載。右は千葉県流山市西平井根郷遺跡出土人骨。提供：流山市立博物館