学制は当時の国力や民情に沿わず、理想に走りすぎた感があった。一方で自由民権運動が盛んになり、学制改革の要求も起こってきた。そこで政府は明治一二年（一八七九）九月、学制を廃して太政官布告第四〇号「教育令」を公布した。教育令では、学校の設置義務を緩和し、町村ごと、あるいは数町村で連合して公立小学校を設置することを定めるとともに、私立小学校があれば公立小学校を設置しなくてもよいとした。また、就学については六歳から一四歳までの学齢期間中、四年間（最低一六か月）までの短縮を認め、学校に入学しなくてもほかに普通教育を受ける途があれば就学とみなし、学校を設置する資力に乏しい地域では教員巡回の方法を認めた。学制による中央集権的、画一的性格を改めて、教育の権限を大幅に地方に委ねた結果、地方によっては児童の就学率が減少し、経費節減のために閉校、あるいは校舎建築の中止などの事態も生じ、小学校教育の衰退を招いた。
　教育令は一年余りで改正を余儀なくされた。翌一三年一二月に改正された教育令では、学校の設置についてより厳格に規定し、私立小学校による代用についても府知事県令の認可を要することとした。就学年限は最低四年を三年に短縮するが、年間の授業日を四か月以上から三二週日以上に改めた。
　教育令改正に基づいて、明治一四年五月、文部省は文部省達第一二号「小学校教則綱領」を定め、小学校の課程を初等（三年）、中等（三年）、高等（二年）とした。港区域では、芝・赤坂区は各小学校に初等・中等・高等の三科を併置した。それに対し、麻布区は経費節約のために、飯倉、南山小学校に初等科と中等科、麻布小学校に初等科と高等科を置き、飯倉、南山小学校の中等科卒業生が麻布小学校の高等科へ、麻布小学校の初等科卒業生は飯倉、南山小学校の中等科へ進学し、再び麻布小学校の高等科を修学するというように、等科の異なる小学校を区内で組み合わせて設置した（『麻布小学校創立百年沿革史』一九七五）。同年六月、文部省は従来の学区を廃止し、新たに郡区をもって学区と改めた。
　明治一八年八月、経済的不況に対処して地方の教育費の節減を図ることを目的として教育令が再び改正されたが、翌一九年の諸学校令の発布により改廃され、実施期間は短かった。