そのようななか、旧大名屋敷跡地や旧幕府あるいは新政府の有力者が有していた土地が多かった港区域においては、それらを活用して教会や学校が設立された。また、港区域に居住していた日本人による積極的な支援もキリスト教が広まる助けとなった。さらに、地方からの上京者が増え、新たに住宅地として開かれ始めていた港区域の環境も宣教師たちの目を引いたといわれている。これらの要因を踏まえながら、港区域におけるキリスト教の展開をみていこう。
明治一一年（一八七八）に芝区露月町へ移転してきた芝露月町教会（現在の新橋五丁目）は、もともとは、アメリカ長老教会宣教師のクリストファー・カラゾルスに加え、アメリカ長老教会が開いた築地大学校の学生であった田村直臣（たむらなおおみ）や原胤昭（はらたねあき）らが、築地の居留地で組織した東京第一長老教会に端を発する。カラゾルスが離れたのちは、同じくアメリカ長老教会のオリバー・マークリーン・グリーンが仮牧師となったが、移転と同時に芝露月町教会と改称するとともに、アメリカ長老教会のもとで受洗していた安川亨が初代牧師に就いた。その後、明治一七年に虎ノ門教会と合併したことをきっかけに芝区芝愛宕町（現在の西新橋三丁目）へ移り、名前を芝教会（図1-6-3-2）に改めた。なお、カラゾルスは、明治五年から同六年にかけて、慶應義塾の教壇で英語と文学を教え、福澤からの信頼を得ていたといわれている。
虎ノ門教会は、明治一六年に東京葺手町（ふきでちょう）教会から改称された教会である。始まりは明治九年にスコットランド一致長老教会の宣教師であるヒュー・ワデルが、芝区西久保葺手町（現在の虎ノ門四丁目）に開いたワデル塾という私塾にさかのぼる。そもそも長老派とは、カルヴァンからの流れを汲み、教会内で長老という身分をもつ者が教会の運営に重要な役割を担うという仕組みを採用するプロテスタントの一派である。そして、基本的には改革派と同系統であるといえるが、日本ではアメリカ長老教会、アメリカ・オランダ改革教会、スコットランド一致長老教会が合同し、日本基督一致教会が作られた。そこで按手礼（あんしゅれい）を受けた日本人には植村正久や押川方義、井深梶之助、田村直臣らがいる。また、参加教会には、前述した芝露月町教会や東京葺手町教会も名を連ねていた。
このように、宣教師同士の協力と日本人による積極的な参加によって成立した教会として、港区域では、現在の鳥居坂教会につながる麻布教会（図1-6-3-3、現在の六本木五丁目）も挙げることができる。麻布教会はカナダ・メソジスト教会の宣教師デビッドソン・マクドナルドが明治一六年に麻布永坂町で築地教会の講義所を設けたことにはじまるといわれており、同一七年に兼牧として迎えられた小林光泰が翌年に初代牧師となった。もともと、小林は小学校教師をしていたが、伝道のために甲府へ移住してきたカナダ・メソジスト教会の宣教師チャールズ・サミュエル・イビーから受洗し、築地教会で牧師を務めていたため、声をかけられた。なお、その築地教会もやはりカナダ・メソジスト教会の宣教師ジョージ・カックランが開いたものであり、宣教師たちのネットワークが存在していたことを看取できよう。
なお、明治期に入ってから日本での伝道を始めたメソジストには、アメリカ・メソジスト監督教会、アメリカ南メソジスト監督教会、カナダ・メソジスト教会などがあったが、伝道する地域には大まかな棲み分けが見られる。カナダ・メソジスト教会は静岡と東京を中心として、静岡県から山梨県、長野県、石川県へと教線を展開しており、甲府における小林とイビーの出会いにも、そのような背景が影響していた。
図1-6-3-2 芝教会（明治21年〈1888〉頃献堂）
『創立百周年芝教会年表』（日本基督教団芝教会、1974）から転載
図1-6-3-3 麻布教会会堂（明治22年〈1889〉頃完成）
大濱徹也著、鳥居坂教会百年史編纂委員会編『鳥居坂教会百年史』（日本基督教団鳥居坂教会、1987）から転載