公立小学校の増設により私立小学校は淘汰（とうた）され、公立小学校による初等教育の原則が確立されていく一方で、富裕層の子弟を対象とする私立小学校は残っていく。港区域の代表的な私立小学校として、慶應義塾幼稚舎や東洋英和女学校小学科がある。
　慶應義塾幼稚舎は、明治七年（一八七四）に福澤諭吉の門下生和田義郎（わだよしろう）が慶應義塾内の自宅に年少者を集めて教育を行ったことに始まる。創立当初は初等教育機関として位置付けられておらず、在学者の就学年齢は多岐にわたり、一二～一四歳で入学した者が最も多かった。幼稚舎は通常の小学校とは異なり寄宿舎を備え、初学年から英語を教授し、慶應義塾以外の上級学校の入学希望者が英語を勉強する手段として一時的に在学した例も少なくなかったという（吉田　一九五〇）。幼稚舎は、明治三一年の学制改革の際、慶應義塾が「大学部」を中心とする教育体制に転換する過程で、慶應義塾内の初等教育機関として位置付けられるようになった。小学校令に準拠して新たに六年制の学則を作り、卒業生は主として中等教育機関に相当する普通部に進むものと改めた。これによって初等教育から大学に至る一貫教育が成立した。
　東洋英和女学校小学科は、ミッション系の女子初等教育機関である。東洋英和女学校では、明治一八年に予科、同二一年に幼稚科が設置され、同三五年に両者をあわせて小学校程度という指定を受けた。小学校令改正による義務教育年限の延長とともに明治四二年に修業年限六年の「小学科」として認可された。その教育はキリスト教主義に基づくものであり、第五、六学年では毎週一時間「英語」（英会話）が行われることを特色とした（『東洋英和女学院百年史』一九八四）。
　そのほか、明治四三年には聖心女子学院小学校、南高輪尋常小学校（現在の森村学園初等部）の二校も開校した。南高輪小学校の創立者である森村市左衛門（一八三九～一九一九）は、当時の公立小学校で行われていた詰め込み主義の教育に批判的な立場をとり、独自の教育を実践しようとした。同校主事には「自動主義」を主張していた河野清丸が就任した（『森村学園六十年史』一九七〇）。
　従来、私立小学校は公立小学校の代用として公立小学校よりも下に位置付けられてきた。その設備や内容は公立小学校に比べて不完全なものであった。それに対して、慶應義塾幼稚舎をはじめとする私立小学校は明らかに異なるタイプの私立小学校であった。各学校が独自の教育理念をもち、それに基づいて教育活動を展開し、授業料は公立小学校よりもかなり高額であった。公立小学校に入れない庶民層や下層の子どもを対象とした私立小学校は次第に減少する一方で、富裕層の子どもを対象とした私立小学校は存続し、東京市内における私立小学校の位置は変化したとみることができる。