中等教育等に関しては、明治後期に入り制度的枠組みが整えられ、一九〇〇年代にかけて体系が成立していくこととなる。
　明治一九年（一八八六）以降に公布された「中学校令」および「師範学校令」などのいわゆる学校令によって各学校が学校体系として位置付けられ、近代教育制度が整えられていくことになる。「中学校令」では、中学校は「実業ニ就カント欲シ又ハ高等ノ学校ニ入ラント欲スルモノニ須要ナル教育ヲ為ス所」とされ、編成は高等中学校と尋常中学校の二等に分けられることとなった。尋常中学校は修業年限五年で各府県に一校、高等中学校は修業年限二年で全国に五校が設置された。明治二四年一二月一四日公布の勅令第二四三号「中学校令中改正」により、尋常中学校の設置数が柔軟になり、また「高等女学校ハ女子ニ須要ナル高等普通教育ヲ施ス所ニシテ尋常中学校ノ種類トス」とされて、高等女学校が尋常中学校の一種と明文化された。明治二七年六月二五日には勅令第七五号「高等学校令」が公布され、高等中学校が高等学校となり、帝国大学の予科教育の役割および地方においては当時の最高学府の役割を果たすこととなった。
　さらに、明治三二年二月七日の勅令第二八号「中学校令」改正では、尋常中学校が中学校となり、「男子ニ須要ナル高等普通教育ヲ為スヲ以テ目的トス」とされた。また、同じく二月七日には、勅令第三一号「高等女学校令」も公布されている。