外国人の居住者が多かったため、キリスト教系私立学校が多く存在したことも、港区域内の諸学校の特徴といえる。国家主義的教育の強化を図る政府によって、明治三二年（一八九九）に公布された勅令第三五九号「私立学校令」と文部省訓令第一二号「一般ノ教育ヲシテ宗教外ニ特立セシムルノ件」（以下、「訓令第一二号」）は、そのようなキリスト教系の私立中等学校に大きな影響を与えた。この訓令はいわゆる「宗教教育禁止令」であり、学校における宗教教育や行事が禁止され、宗教系学校は宗教色を一掃することを求められた。それに従わないならば、各種学校の取り扱いとなるため、中等学校として認められてきた特権を剥奪されることになる。その特権とは、上級学校への進学資格と徴兵猶予であり、その剥奪は中等学校として死活問題であった。
　明治学院普通学部は、明治二〇年、白金に移転し、学則を整えて明治三一年に念願の尋常中学校となったが、「訓令第一二号」の発令により、上級学校への進学資格と徴兵猶予の特権を失うこととなった。在学中に徴兵年齢に達し検査に合格した者は退学せざるを得なくなり、明治三三年三月の卒業生はわずか三名となっている。文部省との折衝を重ね、同年には徴兵猶予、明治三六年に専門学校無試験検定校と指定され、公立中学校と同等の資格を得たという経緯がある。
　また、明治一七年に、普通科が開設された東洋英和学校は宗教教育を捨て、明治三四年には神学科を開設し、特権を維持する道を選んでいる。
　同時期に異なる対応がみられたのは東洋英和女学校である。同校はカナダ・メソジスト教会によって設立され、学校生活のなかにキリスト教行事が組まれ、生徒自身による宗教活動も活発だった。「訓令第一二号」に対して、一〇歳未満の生徒三名を退学させる手続きをとったが、そのうえで、明治三二年に「目的更生開申」の届けを提出し、この機に「基督教主義」を打ち出した。自校のなかに高等科をもつことで、上級学校進学資格の問題を解決し、政府認可の高等女学校に準ずる体制を整えていった。