東京市の漁業は、東京湾に面した京橋区、芝区、深川区で中心に行われていた。明治三四年（一九〇一）の漁業戸数は京橋区一八七、芝区一五〇、深川区五三〇で、芝区の専業および兼業の漁業従事者は六一〇名であった。芝区でとれる漁獲物は、明治三六年には、ウナギ約五〇〇〇貫（約八〇〇〇円）、コハゼ約七五〇〇貫（約二〇〇〇円）、カキ約八〇〇〇貫（約二〇〇〇円）、その他の漁獲物も含め合計額は約二万二〇〇〇円程度であった。明治四一年には、ウナギ三七〇〇貫（約一万一〇〇〇円）、カレイ約八〇〇貫（約九〇〇円）、クロダイ九五〇貫（約一二五〇円）で合計額は約一万六〇〇〇円程度に減少するなど、東京湾での沿岸漁業は落ち込みをみせていた。兼業が中心であったがほかにも海苔の採取製造が行われ、明治三六年の芝区では、採取一四九戸、製造三五戸、価格一万二五〇〇円程度が生産されていた。明治三六年には明治三四年の漁業法制定に伴い、芝区内に、芝浦漁業組合、芝湊町漁業組合、芝金杉浦漁業組合の三つの漁業組合が誕生し、地区の漁業専用権を組合が管理した。