職員採用制度の改革は、配属職員制度の改革より一歩早く進められた。先に昭和四七年度には保育士と児童厚生職の人事権が都から区長に移行された。昭和四七年一二月の都区協議会において、全選考職種の人事権を同四八年四月一日以降、区長に移譲することが決定した。また同年四月に特別区人事・厚生事務組合に設置された特別区職員採用選考委員会において、特別区職員（大卒程度）の採用（全職種）の選考の受験資格基準・選考実施方式等が決定し、事務と四大技術職の採用は地方公務員法上の選考とすることが決定した。昭和四九年六月の都区協議会においては同年度以降新規採用職員の人事権を区長に移譲することが決定した。
実際の職員採用については、当面、採用に関する事務を特別区人事・厚生事務組合で共同処理し、採用選考自体は昭和四八年度から一部が実施された。この選考方式による採用は昭和四八年から五三年の六年間実施され、なかでも五一年、五二年の採用選考は配属職員制度の廃止直前に大きく採用拡大がなされた反動から、極めて厳しい競争となった。