平成一二年の都区制度改革の出発時点では、法改正の趣旨に則した都区の役割分担に応じた財源配分の整理については都区間の合意が得られず、引き続き協議事項となった。それらは具体的には①役割分担を踏まえた財源配分、②都に留保した清掃関連経費の取り扱い、③小中学校改築需要急増への対応、④都市計画交付金の配分、⑤状況に応じた配分割合の変更であり、総じて「都区財政調整主要五課題」と呼ばれるものとなった。これは平成一七年度までの解決を目指して三年ほど協議を続けていったが、東京都と二三区側の主張に隔たりが大きく、都の強硬な姿勢もあって協議は難航した。結果、①役割分担を踏まえた財源配分については先送り、②都に留保した清掃関連経費の取り扱いと③小中学校改築需要への対応については過去の清算分として平成一八年度に限り特別交付金として配分されるものの、今後については新たな検討組織を設置して継続して協議をすることに、④都市計画交付金の配分についても新たに設置する検討組織での継続協議となり、⑤状況に応じた配分割合の変更は同一九年度にかけて協議することで都区間での合意がなされた。