総合支所の再編整備とともに、区役所本庁においても、役割分担の再確認やサポート体制の強化などが必要とされることが明らかになってきた。そこで平成二二年四月、支援部等組織が再編された。
そこでは、①基本計画における分野別計画の着実な実行に適っていること、②総合支所の事務事業が円滑に執行できるよう、総合的支援が効果的に行えること、③時代の変化に迅速・的確に対応できることを基本方針として再編が進められた。具体的には、環境・街づくり支援部の環境課と産業・地域振興支援部の清掃部門を統合した「環境リサイクル支援部」の設置や、総合経営部を、企画や財政など行政経営における全庁的な政策調整や区役所改革の進捗管理などの機能を担う「企画経営部」と、人事や公有財産の管理など組織運営の基盤となる部門を担う「総務部」の体制へ再編することなどが行われた。