昭和二七年の地方自治法改正後の初年度となる都区財政調整は昭和二八年度となった。この改正によって、特別区にとっては自治権の大幅な制約にはなった一方で、業務の範囲の明確化と業務範囲の拡大がもたらされることとなった。それに伴い、特別区税収入を中心とする財政収入では賄いきれなくなり、納付金方式の財政が事実上破綻することとなった。そのような事態に対応すべく、納付金方式による財政調整から平衡交付金による財政調整が求められるようになった。平衡交付金制度では昭和二五年から国と地方の間で実施されていた「地方財政平衡交付金法」の規定に準じて、当該特別区について、財政需要額および財政収入額を算定し、財政需要額が不足する自治体について、都条例により都の一般会計から財政措置を行うもので、いわゆる財政の垂直調整にあたるものである。一方で、都はこれまでの経緯を考慮して、この平衡交付金方式と納付金方式による財政調整制度を同時に存続させる制度とした。