これまでの納付金方式が特別区の区税収入の増大を背景としていたことに対して、平衡交付金方式は、事務の移管等による特別区の財政需要の増大が背景にあった。納付金方式は各区の財政需要の算定が曖昧だったのに対して、平衡交付金方式では国の地方財政平衡交付金方式に準拠して、各特別区の経費ごとに測定単位を設定し、その測定単位の数値に積算された単位あたりの費用に乗じて金額を算定する方法を採用するなど、財政需要金額算定の改善合理化が図られた。一方で平衡交付金方式では、財政需要額の算定について、各特別区で算定した財政不足額の積み上げ方式が採用された。各特別区においては算定した財政収入額が財政需要額を下回る場合にその不足を補填する交付金を受ける区となり、財政収入額が財政需要額を上回る場合にその上回った額が都に納付金として行われるものであった。
なお、国においては地方平衡交付金制度が昭和二九年に地方交付税交付金制度となり、総額を国税三税（所得税、法人税および酒税）の一定割合とする地方交付税交付金制度となったが、都区間の財政調整においては、平衡交付金方式が引き続いた。港区は昭和二五年度からこの平衡交付金制度が変更される昭和三九年度まで納付金を東京都に納める納付区であり、その後も一定の時期を除いて納付区である時期が長く続いた。