第一次基本構想策定後、急速に進む少子高齢化、国際化、地価の高騰、業務立地化の進行は、土地の住宅利用を圧迫し生活条件の悪化を招き、大幅な定住人口の減少、地域社会の活力の低下をもたらした。そのため区民を主体としたまちづくり、区と区民との協働によるまちづくりやコミュニティの再生の必要があった。そのため区は昭和六三年七月に港区基本構想審議会を発足させ、平成二年四月に港区基本構想（第二次）が策定されることとなった。これを受けた港区基本計画として、平成三年五月に平成三～一〇年度の計画、同七年二月に平成七～一四年度の計画、同一一年二月に平成一一～一八年度の計画が策定された。
基本構想の理念は、第一次の理念を継承しつつ区民の生活を守り、よりよい地域社会をつくるという視点から、①人間性を尊重する、②地方自治を確立する、とまとめられた。施策の柱は①住みつづけられるまち、②健やかなくらし、③いきいきとしたふれあい、である。
基本計画は「住みつづけられるまち」を目指して、定住まちづくりにむけた定住白書、定住促進基金の創設、住・商・工が共存するまちづくりの推進などの施策が展開された。また、「ともに健やかにくらせるまち」を目指して、在宅福祉を基調とする地域福祉の充実、福祉のまちづくりの促進などの施策が展開された。さらに「いきいきとふれあいのあるまち」を目指して、教育環境を家庭・学校・地域で連携することで高めていく開かれた学校づくり・特色ある学校教育の推進、区民がいきいきと暮らすための文化活動、新たなコミュニティ形成にむけた環境整備と支援、国際化・情報化に対応するなどの施策が展開された。