第三次の基本構想策定を目指して平成一三年六月に発足した港区基本構想審議会は翌年四月に答申を出し、それを受けて同年一二月に「港区基本構想（第三次）―二一世紀を展望したやすらぎある世界都心・MINATOを将来像に」を策定した。この構想は長引く不況の一方で、ＩＴ化を中心とした高度情報化、国際化、社会の各分野におけるボーダレス化、価値観の多様化、少子高齢化などの環境変化に対応し、人間性の尊重・自立した地方自治・都心区としての責任という理念と役割のもと、一〇年ないし一五年の展望を示したものである。施策の柱は、①かがやくまち（街づくり・環境）、②にぎわうまち（コミュニティ・産業）、③はぐくむまち（福祉・保健・教育）の三分野であり、その下に六つの基本政策と二七の政策が展開される。
これを受けて港区基本計画が策定されたが、これまでの基本計画は計画期間を一〇年ないし八年としていたものを、環境変化に対応するために第三次基本構想以降は六か年計画とし、三年を経過した後期三年についても見直しをすることとした。平成一五年三月に平成一五年度～二〇年度の計画が、同一八年三月に後期三年（平成一八年度～二〇年度）の計画が策定された。平成二一年二月には平成二一年度～二六年度の計画が策定されたが、この時から芝地区、麻布地区、赤坂地区、高輪地区、芝浦港南地区に区分した「地区版計画書」を基本計画の別冊として策定している。また東日本大震災から一年後の平成二四年三月には平成二四年度～二六年度の後期計画と地区版計画書を策定し、それに続く計画は同二七年三月に策定された平成二七年度～三二年度の計画・地区版計画書ならびに同三〇年三月に策定された後期三年の計画・地区版計画書となっている。