平成一八年度には、人口増加等による特別区民税収入の増加もあいまって、経常収支比率や公債費比率は大きく改善し、基金残高も増加するなど区財政は良好な状況になった。しかしながら平成一九年は国の三位一体改革による個人住民税率のフラット化（一律10％）による大幅な特別区民税収入減が見込まれ、さらには都心回帰による人口増加、施設の改築需要、少子高齢化への対応等財政運営に新たな課題が生じた時期でもある。このため、平成一九年三月に「港区財政運営方針（平成一九～二三年度）」を策定した。この時期の基本方針は①盤石な財政基盤の確立、②地域の魅力を高める財政運営、③区民にわかりやすく透明性の高い財政運営であり、特に②は総合支所を地域の拠点として地域特性を踏まえたきめ細やかなサービス提供をうたったものである。またその目標は、経常経費の削減など弾力的な財政構造の維持や地域特性を生かした予算の編成というものであった。また、平成二一年度予算から総合支所に予算枠配分方式を導入し、区民と区がともに企画・立案し、地域特性を生かした予算編成とした。