平成一二年二月の都区協議会で確認された主要五課題とは次のものである。
①今回財源配分に反映させない清掃関連経費については、区の財源配分に反映される課題として整理し、都の実施経費を踏まえて平成一七年度までに協議する。
②今後の小中学校の改築需要の急増への対応について、実施状況等を踏まえて協議する。
③今回の配分割合は、清掃事業について一定期間特例的な対応を図ること等を踏まえたものであり、都区双方の大都市事務の役割分担を踏まえた財源配分のあり方については、今後協議する。
④都市計画交付金について、都区双方の都市計画事業の実施状況に見合った配分が行われるように検討する課題とする。
⑤清掃事業の特例的な対応が終了する平成一七年度の時点で配分割合の見直しを行うことは当然として、それまでの間、大きな制度改正やどうしても対応できない事態が発生した場合には、配分割合の変更について協議を行う。