主要五課題の協議は、事務的な協議の場として用いられた都区検討会や、その上部機関である都区財政調整協議会での協議等で特別区長会会長と知事や副知事とのトップ交渉が重ねられたものの、都区間の意見の相違は大きく、協議は難航した。
そこで平成一八年一月に、東京都側から今後の都区のあり方について改めて根本的かつ発展的な協議を行う場を設け、その検討結果に従って財源問題についても整理する考えを含む最終的な提案が示された。一方その頃、国と地方の税源移譲等を議論した三位一体の改革で区切りがつけられており、それに影響を受ける配分割合の変更の提案が特別区側にとって十分なものではないとして、合意に至らなかった。
そして同年二月に入って特別区長会会長と副知事による交渉が再開され、三位一体改革の反映については引き続き協議することで合意の条件がとれたものとして、都区協議会で主要五課題は以下の内容での暫定決着となった。
①今後都区のあり方について、事務配分、特別区の区域のあり方（再編等）、税財政制度などを根本的かつ発展的に検討することとし、協議が整い次第、このための検討組織を都区共同で設置する。
②平成一八年度都区財政調整協議において、清掃関連経費および小中学校改築に係る課題を整理することとし、都は財政調整交付金とは別に二〇〇億円の特別交付金を平成一八年度に限り設ける。
③「三位一体改革の影響」への対応として都から提案された調整率の2％アップ（平成一九年度以降）については、影響の全体像を見極め、平成一九年度財政調整協議において合意できるよう努力する。