平成一二年四月一日から区民に身近な基礎的自治体として生活に密着した業務により責任を持ち、資源ごみのリサイクル事業と清掃事業が一体的に取り組むことで、ごみの減容と再資源化窓口を一本化して有効に進める体制となった。これに伴い、「廃棄物の処理及び清掃に関する法律」第六条第一項の規定に基づき、計画的なごみ･生活排水処理の推進を図るための基本的な方針として定める港区一般廃棄物処理基本計画「みなとクリーンプラン21」（平成一二～二三年度）が策定され、ごみの減量化と３Ｒが推進された。同計画は、平成二四年三月に港区一般廃棄物処理基本計画「みなとクリーンプラン21（第二次）」で改訂された。その後、区民一人当たりの収集ごみの原単位は減少にあるものの、計画策定時の想定を大きく上回る人口増加がみられたことから、平成二九年三月に、目標等を見直すなどの中間年度改定版が策定され、第三次計画（令和三～一四年度）の策定に至った。例えば、令和元年（二〇一九）一〇月に施行の「食品ロスの削減の推進に関する法律」では、地方公共団体における食品ロス削減推進計画の策定が求められているが、食品ロスの削減の推進についても、港区一般廃棄物処理基本計画に包含して策定され、平成二八年度の食べきり協力店登録制度の開始やフードドライブの推進などが進められた。