東京低地中央部ではこの沖積層が厚く、地下の谷を埋めるように分布する。この沖積層で埋め立てられた谷の地形は、上流の中川低地や荒川低地の地下に連続する（図3－ⅲ－5）。谷底を下流へ追跡すると－100m近くの浦賀水道付近まで続く。東京低地の中央から東京湾の中央部にのびるこの深い谷は、東京湾に流れ込む多くの川の下流部を合わせ、「古東京川（ことうきょうがわ）」とよばれる大きな川がつくったものである。そして、周辺から流れてきた支流の谷もこの「古東京川」の谷に合流していた（松田 1993，2013）。
図3－ⅲ－5────東京低地と周辺部の沖積層基底（松田 2013）
港区の範囲では、武蔵野台地を流れる神田川の谷の延長となる「丸の内埋没谷」、溜池の谷や古川の谷の延長となる谷などが分布し、東京低地中央部の「古東京川」に合流する。武蔵野台地の中の神田川の谷は東京駅方面へ続き、「丸の内埋没谷」（古（こ）神田川の谷）となって（図3－ⅲ－6）、新橋駅の南で地下25m以上の深さを有している。溜池の谷の続きは、新橋駅の西方の地下15～20m付近でこの「丸の内埋没谷」に合流する。
図3－ⅲ－6────丸の内埋没谷の柱状図（虎ノ門1丁目、孔口標高：T．P．＋5.23m）
古川の谷の続きは、芝公園の南で地下10～15mの深さの谷となっているが、「丸の内埋没谷」とは合流せず、田町駅の東側を南東に向かっている。
一方、これらの谷の周囲では、標高－5mくらいのところに平坦な地形が続き、「日本橋埋没台地」「芝埋没台地」などとよばれる（港区 1979）（図1－ⅱ－1、図3－ⅲ－7）。
図3－ⅲ－7────芝埋没台地の柱状図（芝公園1丁目、孔口標高：T．P．＋3.00m）
これらの埋没台地は、海面が上昇した時に削られて波食（はしょく）台（海食台）という平坦な地形になったと考えられている。もしかしたら関東ローム層にも覆われていたかもしれないが、その場合も下末吉面（淀橋台）や武蔵野面（本郷台）よりは低い面であったかもしれない。いずれにしても、削られて証拠が失われてしまったため確かではない。ただし、汐留遺跡では埋没波食台の周辺に関東ローム層のブロックが確認されたため、波食で台地が削られたことが推定された（東京都埋蔵文化財センター 2000）。