一つ目は、過去に人の手が入ってはいるが、長い期間にわたって保全されている環境で、旧家や武家の屋敷跡あるいは寺社の境内が該当する。前者の代表例が自然教育園で、元々は室町時代の豪族の館跡であったといわれ、江戸時代の高松藩主松平家の下屋敷、明治時代の陸海軍管理の火薬庫を経て、昭和になって文部省所管の国立自然教育園になった。後者の例が高輪東禅寺で、江戸初期から高輪の地にあり、幕末にはイギリスの公使館が置かれた。ほかにも、赤坂御用地（旧紀州徳川家上屋敷）や各国の大使館、愛宕神社や増上寺などが含まれる。
二つ目は、公園や緑地、公開空地、あるいは学校を含めた公共施設や民間施設の敷地として整備されているものである。中でも芝公園は、元々は広大な増上寺の境内で、上野公園、浅草公園とともに明治6年に制定された日本で最も古い公園の一つとして知られ、現在でも港区で最も広い公園である。二番目に広い有栖川宮記念公園は旧盛岡藩南部家の下屋敷で、有栖川宮家所有を経て公園になった。港区には160か所以上の公園や児童遊園、緑地等があるが、その広さや来歴もさまざまで、多様な自然環境を提供している。
少し変わった環境としては、台地の崖沿いの斜面地がある。立地的には公園に限らず、屋敷跡や寺社の境内にもある。造成が困難なことから開発されていない場合や、開発された場合でも斜面緑地の一部は残されている場合が多い（写真1－ⅱ－1）。
写真1－ⅱ－1────愛宕山の斜面緑地
三つ目は市街地である。市街地は道路が整備されビルや住居が立ち並んでいる。しかし道路には緑の回廊である街路樹が植えられ、ビルや住居には敷地内の植栽だけではなく、屋上の緑地化や壁面の緑化がすすんでいる。さらに石垣や軒下といった人工物も、生物に生息場所を提供している。生きものの場所であるビオトープも人工物である。公園内や事業者の敷地内、あるいは学校に多く設置されている。
四つ目は水辺の環境で、河川と池、湧水からなる。港区内を流れる川は流路が4.4kmの古川だけである。古川は、江戸時代や明治時代には川幅が30mを超える大きな川で船の往来もあり、都市舟運の重要な役割を担っていた（写真1－ⅱ－2）。しかし今では、水量の激減や護岸のコンクリート化がすすみ、さらには川の上には首都高速道路が建設され、生物の生育・生息の場としては劣っている。池では、江戸城外濠の一部であった弁慶堀のほか、有栖川宮記念公園や旧芝離宮恩賜庭園などの公園内に池がある。湧水については、平成28年度のみどりの実態調査で、20か所が自然湧出していると確認された。公園や寺社のほか、個人宅にも湧水地がある。
写真1－ⅱ－2────明治40年の古川
五つ目は沿岸の埋立て部であるが、陸上の部分は上で述べた二つ目と三つ目の環境に該当する。地形的には平坦で、台場も江戸時代に築造された埋立て地である。埋立て地には元々倉庫などの流通施設が多かったが、最近では高層住宅などに用途が変化し、市街地のような環境を提供している。学校や公園も整備されている。一方、海面はほとんどが垂直護岸に囲まれた運河で、水深も深いという特徴がある。その一方で、お台場海浜公園では人工の砂浜や磯浜が造られ、多様な環境を提供している。