平成21年度に実施された「港区生物現況調査（第2次）報告書」によると、港区で確認されている土壌動物は210科464種である。クモ類が最も多く189種、次いで昆虫類の151種、陸産マキガイ類の34種、ムカデ類の32種などが続く。
　重要種はトタテグモ科のキシノウエトタテグモ（環境省RLの準絶滅危惧NTおよび東京都RDBの絶滅危惧Ⅱ類VUに指定されている）とセミ科のヒグラシ（東京都RDBの準絶滅危惧NT）の幼虫が1978～1981年に自然教育園で記録されているが、第2次生物現況調査では確認されていない（自然教育園は調査範囲に含まれていない）。外来種は北アメリカ原産の陸生貝類のコハクガイ科コハクガイやヨーロッパ原産のコウラナメクジ科のチャコウラナメクジなど6種が記録されている。