これまでに港区で確認されている両生類はアマガエル科のアマガエルなど4科6種、爬虫類はスッポン科のスッポンなど7科15種、哺乳類はモグラ科のアズマモグラなど5科5種、合計16科26種である。これら26種のうち、ヒナコウモリ科のアブラコウモリ（写真2－ⅱ－13）やヤモリ科のヤモリ、トカゲ科のトカゲ（写真2－ⅱ－14）、カナヘビ科のカナヘビ、ヘビ科のアオダイショウ（写真2－ⅱ－15）、ヒキガエル科のヒキガエル（写真2－ⅱ－16）、アカガエル科のウシガエル（写真2－ⅱ－17）の7種については、関東地方の都市部でごくふつうにみられる都市型種である。

写真2－ⅱ－13────アブラコウモリ

写真2－ⅱ－14────トカゲ

写真2－ⅱ－15────アオダイショウ

写真2－ⅱ－16────ヒキガエル

写真2－ⅱ－17────ウシガエル

　これまでに港区で確認されている重要種14種のうち環境省RLで準絶滅危惧NTに指定されているのはイシガメ科のニホンイシガメとアカガエル科のトウキョウダルマガエル（六本木ヒルズの屋上緑地の造成水路で記録されたが、人為的に移入したと考えられる）の2種である。東京都RDBで絶滅危惧Ⅰ類CR／ENに指定されているのがニホントカゲで、絶滅危惧ⅠA類CRに指定されているのがニホンイシガメとヘビ科のシマヘビとジムグリである。さらにヘビ科のヒバカリ（写真2－ⅱ－18）は絶滅危惧Ⅱ類VUに指定されている。

写真2－ⅱ－18────ヒバカリ

　外来種3種のうちウシガエルは外来生物法の特定外来生物に、イシガメ科のアカミミガメ（写真2－ⅱ－19）は外来種リストの緊急対策外来種に、ジャコウネコ科のハクビシンは重点対策外来種に指定されている。

写真2－ⅱ－19────アカミミガメ

　ほかの東京都区部と比較すると、種数では杉並区の28種に次いで2番目に多く、他の区は千代田区の16種、目黒区の11種、板橋区の10種とかなり少ない。種数の少ない区では、そのほとんどを都市型種が占めている。また、杉並区の28種のうち8種28.6％が外来種であるが、港区では3種11.5％である。したがって港区には、ほかの都区部と比べて、都市型種も含めて在来種が多く生息していると判断されている。