港区立郷土歴史館
港区内で出土した縄文土器に触れたり、タッチパネルを使ったりしながら港区の自然・歴史・文化が学べる施設です。昭和13年（1938）築のクラシカルな建物も見どころのひとつです。
所在地：港区白金台4-6-2 ゆかしの杜内
電話：03-6450-2107
HP：https://www.minato-rekishi.com
〈総合博物館 自然史系〉
国立科学博物館附属自然教育園
敷地の全域が国の天然記念物および史跡に指定されています。戦前までは大名屋敷や軍の施設として使われ、一般の人が入れなかったため、都心とは思えないほど豊かな自然が残されました。
住所：港区白金台5-21-5
電話：03-3441-7176
HP：http://www.ins.kahaku.go.jp
東京海洋大学 ミュージアム機構 マリンサイエンスミュージアム
プランクトンから鯨（くじら）まで、海中の生き物に関する展示を軸とした博物館です。ほかに、ペンギンやカモメなど洋上で生きる鳥類、流氷、調査船、食品加工など海について広く学べます。
住所：港区港南4-5-7 東京海洋大学品川キャンパス内
電話：03-5463-0430
HP：http://www.s.kaiyodai.ac.jp/museum/public_html
気象科学館
気象業務の紹介や防災知識の普及・啓発を目的とした施設です。局地的な大雨や地震、火山など、近年の異常気象や災害にちなんだ展示も充実しています。
住所：港区虎ノ門3-6-9 気象庁２階
電話：03-6758-3900
HP：https://www.jma.go.jp/jma/kishou/intro/kagakukan.html
港区立みなと科学館
体験型の展示、実験室での実験や工作などを通じて、身の回りにある科学について子どもから大人まで楽しみながら学べる施設です。プラネタリウムでは800万個を超える星空と解説員による生解説が堪能できます。
住所：港区虎ノ門3-6-9
電話：03-6381-5041
HP：https://minato-kagaku.tokyo
〈総合博物館 歴史系〉
NHK放送博物館
昭和31年（1956）に誕生した世界最初の放送専門の博物館です。大正14年（1925）のラジオ放送開始以来の放送の歴史をたどる約３万件の資料を収蔵しています。
住所：港区愛宕2-1-1
電話：03-5400-6900
HP：http://www.nhk.or.jp/museum
外務省外交史料館
幕末以来の外交史料を保存・公開しています。別館２階の展示室では、日本外交史上の重要な史料の常設展示を行っているほか、テーマを決めた特別展示・企画展示を定期的に開催しています。
住所：港区麻布台1-5-3
電話：03-3585-4511
HP：https://www.mofa.go.jp/mofaj/annai/honsho/shiryo/index.html
旧新橋停車場 鉄道歴史展示室
明治５年（1872）に開業した新橋停車場の外観が、当時と同じ位置に再現されています。ガラス張りの床上から、プラットホームの基礎石（国指定史跡）を見学できる１階展示室はとくに人気です。
住所：港区東新橋1-5-3
電話：03-3572-1872
HP：http://www.ejrcf.or.jp/shinbashi
物流博物館
主に江戸時代以降の物流のあゆみ、しくみがわかりやすく解説されています。また、現代の物流産業の概要を、陸・海・空の物流ターミナルの大型ジオラマや各種模型、映像などで紹介しています。
住所：港区高輪4-7-15
電話：03-3280-1616
HP：http://www.lmuse.or.jp
増上寺宝物展示室
展示室の中央にある「台徳院殿霊廟模型」は、2代将軍徳川秀忠の霊廟を10分の１スケールで製作し、明治末、英国王室に贈呈されたものです。長期貸与が決まり展示されています。
住所：港区芝公園4-7-35
電話：03-3432-1431
HP：https://www.zojoji.or.jp/takara
泉岳寺赤穂義士記念館
いわゆる赤穂義士の討ち入り300年目にあたる平成13年（2001）に開設された資料館です。赤穂義士らの遺品のほか、幕末維新期に製作された四十七士の木像などを展示しています。
住所：東京都港区高輪2-11-1
電話：03-3441-5560
HP：http://www.sengakuji.or.jp/
※休館・休園日および開館・開園時間などの最新情報は各HPをご確認ください。