Ｓ1層 暗褐色土中に少量の貝が混じる混貝土層である。貝塚形成後の自然堆積層であり、貝層の崩落および草木の根による攪乱で貝が混入したと考えられる。層中には後世の遺物も含まれている。
Ｓ2～Ｓ13層 トレンチの東壁セクションにおいては、純貝層に近いＳ14層に対して混上率の比較的高いＳ11・Ｓ13層が斜面とは逆の傾斜で堆積しているのが明瞭に観察された。Ｓ2～Ｓ13層は、Ｓ14層堆積後に斜面がＳ13層下面に相当する深さまで掘り込まれ、その掘り込みの中に堆積したものと考えられる（但し、Ｓ12層は掘り込み以前に堆積した可能性もある）。このうちＳ3・Ｓ6・Ｓ11層については、トレンチの東壁から西壁へ連続して堆積していることが確認されており、掘り込みの規模は小さなものではない。各層の堆積には締まりがあり、掘り込まれた時期が明らかでないことから、これを一括の攪乱として扱わずに分層して報告する。Ｓ2層は、暗褐色土中に少量の貝が混じる混貝土層であり、破砕貝片（註１）と小礫（註2）を若干含む。Ｓ3層は、茶褐色土の混土貝層であり、破砕貝片を多量に含む。Ｓ4層は、黒褐色土中に少量の貝が混じる混貝土層である。Ｓ5層は、暗褐色土の混土貝層であり、破砕貝片を含む。Ｓ6層は、黒褐色土中に少量の貝が混じる混貝土層であり、混貝率が極めて低い。Ｓ7層は、暗茶褐色土の混土貝層であり、破砕貝片を含む。Ｓ8層は、暗褐色土の混土貝層であり、破砕貝片を多量に含む。同じ内容の貝層がトレンチの東壁と西壁の両セクションで観察されているが、これは、連続する堆積ではない。Ｓ9層は、黒褐色土の混土貝層であり、小礫を含む。Ｓ10層は、黒褐色土中に少量の貝が混じる混貝土層である。Ｓ11層は、黒褐色土の混土貝層であり、焼けた痕跡を有する貝と破砕貝片を多量に含む。Ｓ12層は、暗褐色土の混土貝層であり、焼けた痕跡を有する破砕貝片が主体をなす。Ｓ13層（註3）は、黒褐色土の混土貝層であり、Ｓ11層よりも混土率が低い。焼け左痕跡を有する貝と破砕貝片を多量に含む。以上のＳ2～Ｓ13層のうちＳ3層とＳ7層は、土質がＳ17層に近似しており、Ｓ17層の崩落土層の可能性がある。なお、Ｓ2～Ｓ13層を一括する場合は、第I層群という呼称を使用する。
第4図 大串貝塚Ｂ1地点トレンチ15～25区東壁セクション図（1/50）
第5図 大串貝塚Ｂ1地点トレンチ18～24区西壁セクション図（1/50）（※は註3を参照）
Ｓ14～Ｓ16層 貝層範囲南半部の18～21区に堆積しており、Ｓ14・Ｓ15層の南北両側末端部とＳ16層の南側末端部は、掘り込みによって破壊されている。Ｓ14層は、暗褐色土の混土貝層であるが、全貝層中で混土率が最も低く純貝層に近い。この層は、密に堆積した貝の隙間に土が充満しておらず、貝層の断面を維持するのが困難であった。貝層中には焼けた痕跡を有する貝と破砕貝片を含む。Ｓ15層は、暗褐色土の混土貝層であり、Ｓ14層よりも混土率が高い。暗褐色土には貝の微細片が混じり、層全体が白味を帯びて見える。貝層中には炭化物・炭化粒および焼けた痕跡を有する貝、破砕貝片を多量に含む。Ｓ16層は、褐色土の混土貝層であり、焼けた痕跡を有する破砕貝片が主体をなす。なお、Ｓ14～Ｓ16層を一括する場合は、第II層群という呼称を使用する。
Ｓ17層 貝層範囲北半部の21～23区を中心に堆積しており、全貝層中で最も厚い。南側の一部は掘り込みによって破壊されている。21～23区の調査当初、Ｓ17層は、20－21区の貝層断面で既に確認されていたＳ25層へ連続するものと予想していた。両層は、特徴的な茶褐色土の混土貝層であり、貝の状態も似ている。しかしＳ17層とＳ25層の間には、これも特徴的な黄褐色砂を含むＳ24層が堆積しており、両層がそれぞれ独立した貝層であることが明らかにされた。両層をセクションで比較してみると、Ｓ25層は茶褐色土が貝の隙間に均等に含まれるのに対して、Ｓ17層は、貝と生とがモザイク状に堆積しており、混土率が高い。焼けた痕跡を有する貝と破砕貝片はほとんど含まれない。
Ｓ18・Ｓ19層 貝層範囲北部の22～24区に堆積している。Ｓ18・Ｓ19層は、単一の層として調査した後にセクションの観察から２つの層に細分された。Ｓ18層は、黒褐色生の混土貝層であり、中礫を若干含む。Ｓ19層は、暗褐色土の混土貝層であり、礫は含まない。
Ｓ20・Ｓ21層 22～24区の東側にのみ堆積している。トレンチの東壁セクションにおいて、暗茶褐色土の混土貝層であるＳ23層に対して黒褐色土の混貝土層であるＳ21層が斜面とは逆の傾斜で堆積しているのが明瞭に観察された。Ｓ20・Ｓ21層は、Ｓ23層堆積後に斜面がＳ21層下面に相当する深さまで掘り込まれ、その掘り込みの中に堆積したものと考えられる。即ち、貝層中にPitが掘られていたことになるが、調査時にはその平面を確認することができなかった。Ｓ20・Ｓ21層は、単一の層として調査した後にセクションの観察から２つの層に細分された。Ｓ20層は、黒褐色土中に貝が混じる混貝土層であり、礫は含まない。Ｓ21層は、暗褐色土中に貝が混じる混貝土層であり、小礫を含む。両層からは、イノシシ・シカなどの獣骨の大きな破片が比較的多く検出された。
Ｓ22・Ｓ23層 Ｓ22層は、Ｓ23層上面に位置する、焼けた痕跡を有する破砕貝片のブロック状の堆積である。土の色調は、茶褐色か暗茶褐色かは明らかでない。Ｓ23層は、21～23区の東側を中心に堆積しており、トレンチの西壁セクションにはみとめられない。北側末端部は掘り込みによって破壊されていると考えられる。暗茶褐色土の混土貝層であり、焼けた痕跡を有する貝と破砕貝片を多量に含む。
Ｓ24層 18～23区という広範囲に堆積しており、南側末端部が掘り込みによって破壊されている。茶褐色土と黄褐色砂が混じる特徴的な混土貝層である。Ｓ26層にも黄褐色砂が混じるが、Ｓ24層の砂の方が粒が細かく、その差違は感触によって明瞭に区別できる。貝層中には焼けた痕跡を有する貝と破砕貝片を多量に含み、貝の微細片で層全体が白味を帯びて見える。
Ｓ25層 18～22区に堆積しており、南側末端部が掘り込みによって破壊されている。茶褐色土の混土貝層であるが、混土率が低く純貝層に近い。ヤマトシジミの貝殻（殻長・殻高）が全体的に大きく、焼けた痕跡を有する貝と破砕貝片はほとんど含まれない。クロダイ・スズキなどの魚骨と鱗が比較的多く検出されている。
Ｓ26層 19～21区を中心に堆積している、茶褐色土と黄褐色砂が混じる混土貝層である。焼けた痕跡を有する貝と破砕貝片を多量に含み、貝の微細片で層全体が白味を帯びて見える。炭化物も 較的多量に含まれている。なお、Ｓ17～Ｓ26層を一括する場合は、第Ⅲ層群という呼称を使用する。
Ｓ27～Ｓ29層 Ｓ27層は、Ｓ29層上面に位置する、焼けた痕跡を有する破砕貝片のブロック状の堆積である。黒褐色土の混土貝層であり、炭化物も多量に含まれている。Ｓ28層は、南側末端部を掘り込みによって破砕されているが、18－19区の西側にのみ堆積しており、これもブロック状の堆積と考えられる。黒褐色土に黄褐色砂と貝の微細片を含み、全体として暗褐色を呈した土の混土貝層である。Ｓ29層は、18～23区という広範囲に堆積しており、南側末端部が掘り込みによって破壊されている。
黒褐色土の混土貝層であり、貝層中からマガキがブロック状にまとまって検出された（第６図）。貝層全体としてもマガキが多い。焼けた痕跡を有する貝と破砕貝片、炭化物を多量に含む。特にＳ29層下位は貝の微細片が多い傾向にあり、これを指標にＳ29層の上位をＳ29ａ層、下位をＳ29ｂ層として遺物を採り上げたが、セクションにおいては両層を明確に区別することができなかった。Ｓ29層からはイノシシ・シカなどの獣骨の大きな破片が多量に検出されており、これらのほとんどがＳ29層上面に集中する。なお、Ｓ27～Ｓ29層を一括する場合は、第Ⅳ層群という呼称を使用する。
第6図 Ｓ29層中で検出されたマガキ
Ｓ30層 19－20区に薄く堆積している、黄褐色砂中に少量の破砕貝片が混じる混貝砂層であり、直上にあるＳ29層の破砕貝片が砂層中に混入したと考えられる。
以上の貝層の堆禎は、貝層に混じる土の色調から、黒褐色土を中心とした貝層群と茶褐色土を中心とした貝層群とに大別される。これは、第Ⅳ層群（黒褐色止）→第Ⅲ層群（茶褐色土）→第Ⅱ層郡（黒褐色土）→第Ⅰ層群（黒褐色土）という順位で堆積しており、第Ⅲ層群がＳ22～Ｓ26層（茶褐色土）→Ｓ18～Ｓ21層（黒褐色土）→Ｓ17層（茶褐色土）という順位で堆積していることを考慮すれば、互層をなすと見ることもできる。また、貝層の堆積は、貝の微細片の多寡からも区別される。貝の微細片が多量に含まれる貝層は、層全体が白昧を帯びる。堆積の規模が比較的大きな貝層について見るならば、Ｓ29ｂ層（多）→Ｓ29ａ層（寡）→Ｓ26層（多）→Ｓ25層（寡）→Ｓ24層（多）→Ｓ23層（寡）→Ｓ17層（寡）→Ｓ15層（多）→Ｓ14層（寡）という順位で堆積しており、明らかに互層をなしている。この貝層の出現には、土の色調から大別された貝層群との関係はみとめられず、焼けた痕跡を有する貝と破砕貝片を多量に含むことが共通点として指摘される。