成沢の東漸院周辺の湿地・水田付近の清流では，トウキョウサンショウウオが生息している。一方森林では，ウグイス・サンコウチョウ・ツグミ・アカハラなどがいる。

　丹下の湿原は昆虫や野鳥の生息地であり，ハッチョウトンボは水戸市内で唯一の生息地であったが，現在はほとんど見られない。

　偕楽園ではヒヨドリ・ムクドリ・シジュウカラなどの野鳥が飛来している。

　千波湖はガン・カモ類の渡来地で，マガモ・コガモ・カルガモ・ヒドリガモ・ヨシガモ・ミコアイサ・キンクロハジロなど十数種の水鳥が見られる。湖沼の魚としては，ヘラブナ・コイ・ヤマベ・ウナギ・ライギョ・メダカ・タイリクバラタナゴ・クチボソなどが生息している。昆虫では，ゲンゴロウ・ミズスマシ・マツモムシなどの水棲，オオモノサシトンボ・アオモンイトトンボ・シオカラトンボなどが見られる。

　水戸駅周辺から桜川沿いにハクセキレイが生息し，水戸はその繁殖の南限地になっている。