水戸の丘陵地帯は自然にめぐまれ，古くから人びとが住んでいた。1万年以上も前のことである。まだ土器は使用されず，素朴な打製石器をつかって動物をとったり，植物を採集して生活していた。それらの遺跡は市内藤井町の十万原などに残っている。

　縄文時代には土器が使用され，石器も鋭いものが利用されるようになった。住居は竪穴式とよばれるものであり，当時の生活のなごりである貝塚も発見されている。

　弥生時代に入り農耕が始まると，定住生活が行われるようになった。水戸地方では，飯富・酒門（さかど）・河和田などにその遺跡が見られる。

　6世紀ごろ，全長198メートルという愛宕（あたご）山古墳（市内愛宕町）がつくられた。このあたりでは大きな前方後円墳で，那珂国造（なかのくにのみやつこ）の墓であろうと推定されている。

「常陸国風土記」によれば，このころ常陸地方は6つの国に分けられ，水戸地方は那珂川流域を中心に仲国とよばれていた。

　大和朝廷は地方豪族のなかで，とくに強大な豪族を県主（あがたぬし）（小さな部族国家の首長）や国造（くにのみやつこ）（地方官）に任命し，地方を支配組織に組み入れていった。おそらく，この愛宕山古墳に葬られた人もこれに関係をもったと思われる。

　7世紀中期になると中央では大化の改新が行われ，8世紀初めには大宝律令が完成して，天皇による強力な中央集権国家が形成された。710年には奈良に平城京が造営され，今まで6つの国に分かれていたこの地方は常陸国となり，それまでの国は郡とされた。その下に里が置かれた。また条里制・班田収授制・租税制などが実施され，国家の支配権が確立した。

　律令体制下の常陸国の役所は府中（石岡市）におかれ，水戸地方は常陸国の那賀郡に含まれた。また「万葉集」には，愛宕町滝坂の途中（異説あり）にある曝井（さらしい）をよんだ歌や那賀郡からはるばる北九州へ防人（さきもり）にいった人びとの歌が残っている。

　8世紀末に都は奈良から平安京に遷都され，律令政治の再編の試みがくりかえし行われていたが，貴族や寺社によって荘園が形成され始め，律令制の基盤である土地公有制は崩れだした。水戸地方では那賀郡より吉田神社を中心として吉田郡が分離し，のちには吉田荘となって荘園が成立している。

　また荘園の増大とともに領主たちは荘民を武装させるようになり，とくに関東地方はこうして早くから武士が興った。

　政治のうえでも貴族間の抗争は激しさの一途をたどり，朝廷と姻戚関係を結んだ藤原氏は，政治権力を独占することになる。中央政治の乱れは，地方にも及び，国司となって地方に下った貴族のうち，源氏や平氏が力をふるうようになった。

　常陸国においては，桓武天皇の曽孫高望（たかもち）王が平氏を名のり上総介（かずさのすけ）となって常陸をはじめ上総や下総に広大な私有地を開き，これらを子の国香（くにか）・良将（よしまさ）らに与えて平氏一族が大きな力をもつようになった。将門（まさかど）は父良将の死後，遺領をめぐって伯叔父の国香・良兼（よしかね）らと争って国香を殺し，常陸・下野（しもつけ）・上野（こうづけ）の国府を次々と支配していった。これが世にいう「将門の乱」（10世紀）である。

　朝廷はこの乱を平定するために，国香の子平貞盛（さだもり）に将門討伐を命じた。貞盛は下野の豪族藤原秀郷（ひでさと）と結び，ついに将門を滅ぼした。将門の乱は一方で地方豪族の武力の強大さを示し，武士の成長に道を開き，水戸地方にもこの影響が及ぶことになった。吉田神社は平安初期より名神大社になり，常陸三の宮として多くの崇敬をあつめ，社領を形成していた。吉田神社の神宮寺として薬王院も造営され，水戸地方に大きな勢力を形成した。これも平安後期からは著しい武士の進出によって社領が侵略され，次第に力を弱めてゆくことになる。