11世紀には房総地方に勢力をもつ平忠常（ただつね）の反乱を源頼信が鎮圧し，前九年の役には源頼義（よりよし）・義家（よしいえ）が奥州を平定して，坂東武士の間にも源氏の支配が強化された。

　平氏の分流常陸大掾（だいじょう）氏はいちはやく源氏と密接な関係を結び，勢力を拡大してゆく。大掾氏は平貞盛の父国香にはじまり，貞盛の子維幹（これもと）の時代に常陸に基礎をつくることになる。

　源氏は関東地方の武士団を武力の基盤として地位を築きあげた。一時，平氏に中央権力を奪われたが，源頼朝が鎌倉に挙兵すると関東武士が立ちあがり，平氏政権を打倒した。

　大掾氏は頼朝に近づき，常陸国の大掾職（地方官の役職）と家領を継承した。その一族である馬場大掾氏も水戸を中心とする那珂・吉田両郡を支配した。この一族は水戸の形成という点からみると非常に重要である。

　2度にわたる元寇の来襲後，恩賞の不満が武士の間にひろがって，反幕的気運が高まった。後醍醐（ごだいご）天皇は天皇親政をめざし，全国の武士に反幕行動の命令を下した。

　このとき倒幕にたちあがった足利尊氏（たかうじ）・新田義貞についで，常陸地方の武士たちも鎌倉攻めに加わった。しかし，建武の新政は長くはつづかず，常陸地方でも南朝方（後醍醐天皇側）と北朝方（足利尊氏側）の争いがくりひろげられることになる。

　当然，大掾氏もこの争乱にまきこまれた。常陸地方の三大豪族の中で，筑波郡に勢力をもつ小田氏が南朝方に，太田地方に力をもつ佐竹氏が北朝に組みした。大掾氏は遅れて北朝方に服属したため，水戸地方は足利方の勢力下に入った。

　南朝方は東北地方の支配を維持するため，常陸を根拠地にして勢力の拡大をはかり，楠木正成（まさしげ）一族の正家が延元元年（1336）瓜連城（那珂郡瓜連町）に那珂氏とたてこもった。これに対し佐竹氏など北朝の連合軍は瓜連城を攻め落として，常陸地方を北朝の支配下としている。この時の常陸での対戦は，全国的にみても大変な激戦であった。

　南北朝の統一後もいたるところで争乱は続き，水戸地方は交通の要所として，重要な補給路であったため，常に抗争の中心にあった。

　一方，足利氏と関係の深い佐竹氏は守護として太田（常陸太田市）を中心に大きな勢力を樹立した。大掾氏は佐竹氏におびやかされ，次第に衰退してゆく。応永23年（1416），上杉氏憲（うじのり）（禅秀）の乱では，大掾氏は氏憲につき，のちに佐竹氏家臣の江戸通房（みちふさ）に，水戸の拠点を奪われた。応永33年（1426）より水戸は江戸氏の支配するところとなり，大掾氏は府中だけの地方的勢力となってしまった。

　平安末期より室町末期まで水戸地方を支配し，水戸に館をもうけた馬場大掾氏ではあったが，当時水戸はあくまで支城的な存在でしかなかった。水戸に本格的城が築かれ，政治的本拠となるのは次の時代，江戸氏の時代であった。