室町末期から戦後時代の動乱の時代をへて，織田信長の全国統一まで約160年間水戸を支配したのは江戸氏である。水戸という地名もこの時代から使用されるようになった（別名「江戸」とも呼ばれた）。

　江戸氏は“瓜連城の戦い”に敗れた那珂氏の流れをくむ名族である。那珂川東岸の下江戸（那珂町）を拠点として江戸氏を名乗った。その後，桜川流域の河和田（市内河和田町）に移り，中妻三十三郷の地域に支配体制を固め，江戸通房の時に水戸の地を馬場大掾氏より奪った。そして那珂・茨城両郡に君臨することになる。

　その子通雅（みちまさ）の時代には水戸に江戸氏一族・家臣の屋敷・宿所がつくられた。また商人・職人が住み始め，城下町が形づくられて，水戸が市町としての歴史をあゆみだした時代でもある。水戸城は内城と宿城からなり，内城は居館のあった内郭であり，台地の東端に位置（現水戸一高）し，また宿城は内城の外郭であり，家中の諸士と町方・商人が居住した。

　通雅の子通泰の死後，佐竹氏の一族の内紛に介入し，天文16年から同19年（1547～1550）にわたって，江戸氏と佐竹氏の合戦が行われた。その後，ふたたび佐竹氏に従うようになるが，鹿島・行方両方面に進出する戦国大名的存在でもあった。

　そのため天正3年（1575）には，信長によって江戸氏は従五位下・常陸介に任ぜられるなど実力が認められた。

　豊臣秀吉が全国統一へむけて動きだしたときに，佐竹氏は早くから石田三成を通じて秀吉に従い，その力を背景に東北地方の強豪伊達政宗の南下を防ぎ，小田原に一大勢力をもつ北条氏政（うじまさ）の北関東への拡大を阻止しようとしていた。天正18年（1590），秀吉の小田原北条討伐の命令を受けた佐竹義宜（よしのぶ）はすぐさま参陣したが，北条氏政と盟約を結んでいた江戸氏や大掾氏は動かなかった。これが決定的に運命を左右することになる。佐竹氏は大名として公認され，江戸氏や大掾氏は佐竹の家臣として独立は否定された。