一般的な住居は竪穴住居で、床面の形は全国的に前期・中期には円形のものが多く、後期になると大部分が方形になる。住居内の中央部には炉が作られ、柱は床面が円形の場合には円形に一〇本程度めぐらされ、方形住居では炉を挟んで二本、または方形に四本以上配置される。屋根は切妻(きりづま)造りか円形に近い寄棟(よせむね)造り、あるいは原始的な入母屋(いりもや)造りなど各種あり、茅葺(かやぶ)きのものが多い。
また、掘立柱建物も一般の住居として使用され、湿気の多い土地や作業小屋などに多くみられたが、しだいに神聖な空間、特別の人々の住居となっていった。