指定地北部は第二次調査以前においては、竹や低木が繁茂する原野となっていた。調査は、まず山門と鐘楼門の中心を結んだ線を中軸線とし、その後適宜指定地内に測量用のクイ打ちを行った。なお、調査の中軸線は国土調査法第Ⅱ座標系に対して、零度二七分一九秒東に傾いている。
各年度の調査場所は次のとおりである。
第一次調査 指定地北半の南部を中心に、幅一~三メートルの東西・南北各方向のトレンチを設定。
第二次調査 指定地北半の南東部がA区、同北西部がB区、三重塔の西側と南側のトレンチがC区である。
第三次調査 指定地北半の中央部の調査区およびその南西側と南東側のトレンチがD区、同北東部がE区である。
第四次調査 指定地北半の南西部がF区、D区南側に設定したトレンチがG区である。