幕府は寛文四年(一六六四)に、各大名に対して一斉に領知判物および朱印状を発給し、同時にその書式を細部に至るまで制定した。また、同七年(一六六七)には御領・私領の別を問わず、関東を除いて全国を六つの地域に分け、一斉に諸国巡見使が派遣された。さらに寛文十一年(一六七一)十月、幕領の代官に対して宗門人別帳の作成を命じたが、これはキリシタン取り締まりを目的にしたものであったことはもちろんであるが、同時に民衆の個別人身支配を確立せんがためのものであった。
　幕府は、寛文期を中心にこのような諸制度の整備・統一を進めたが、小倉小笠原藩においても、寛文・延宝期を通じて、藩政の整備・改革の時期にあった。
　寛文九年(一六六九)二月、幕府は江戸市中に対して、江戸枡を京枡(方四寸九分、深さ二寸七分)に統一するように触れ出し、さらに同年八月には、閏十月から一切の江戸枡の使用を禁じた。小倉小笠原藩も、この京枡統一の政策に同調し、寛文十一年(一六七一)、それまで使用していた小倉枡を京枡に改めたのである。
　同じ寛文十一年の九月、第二代藩主忠雄の弟真方(さねかた)に新田分与の名目で領地を分けることについて、幕府からの許可が下り、翌年二月には築城郡の内で二二カ村が与えられた。これが、いわゆる支藩・新田藩であるが、新田藩領は貞享二年(一六八五)に上毛郡の内二六カ村と交換され、以後明治初年の千束(ちづか)藩・千束県へと続いた。
　寛文八年には家臣団の機構改革が行われたが、さらに延宝六年(一六七八)には地方知行制を廃止して、すべて蔵米知行とした。
　小倉小笠原藩は延宝六年(一六七八)二月、藩札の発行を幕府に願い出たが、三月十五日にはその許可を得て、六月二十三日から通用が開始された。現在のところ、この時刷られた藩札は見出されていないが、一〇匁、五匁、一匁、七分、四分、三分、二分の七種の札が発行されている。この札は、豊後・筑前・長門までも通用していたが、幕府が宝永四年(一七〇七)に藩札の使用を禁止したため、諸藩と同様に通用が停止されたのであった。藩札の発行は、領内に流通している全国通用貨幣を吸収し、領外での支出に充て、藩財政の安定をはかることに目的があった。