延宝六年(一六七八)六月、家臣の地方知行を廃止し、これを蔵米支給に切り替えた。これを蔵入地化(蔵米制)という。小笠原氏は寛永九年(一六三二)の小倉入封当初、すべて蔵米知行としていた(前述)が、寛永十四年(一六三七)から地方知行と蔵米知行の二種類の知行制を採用していたという(『御當家末書(下)』)。その後、寛文九年(一六六九)には家臣俸禄制の手直しを行い、扶持米・切米取の家臣の召し抱えは、原則として一代限とした。しかし、このため断絶する家が続出し藩内が混乱したため、延宝二年(一六七四)には中止し、断絶した家々を再興させた(『北九州市史』近世編二五九ページ)。また、地方知行の家臣については、寛文九年五月、近習者の知行地免率を三ツ八歩から四ツに切り上げ、知行地は企救・田川郡に設定し、外様家臣の免率も三ツ五歩から三ツ八歩に切り上げ、知行地は京都・仲津・築城・上毛郡内で与えることにした。このように、「知行地といえども、その免率は藩が決定し、近習者(譜代家臣)はなるべく城下近くに、外様は遠隔地に知行地を設定」(『北九州市史』近世編一九四ページ)するといったやり方で、家臣の知行地編成とその扱いの違いを出していたのである。
　まさにこのような大きな変革をなした前年の延宝五年の「小倉藩の知行帳」があるので示しておく(第23表参照)。

　この表によれば、知行取家臣は八一人で、その総高は三万九一五〇石である。惣庄屋は全二四人で総高一一七〇石となり、一人平均四八石余(四〇～七〇石)であった。寺社領が九三七石余あった。こうして、知行地総計は四万一二五七石余となっていた。


　蔵入地化とは、これらの知行地の年貢米を一括して藩庫に収納し、その後に藩士に分配することであるが、藩にとっては大量の現米を扱うことができ、さらに知行地農村を直接支配する体制となって領内一円を政策展開の場にしていくために都合のよいことになるのである。