宗門改めが制度化されて、それに付帯して制度化されたものの一つに「寺請制度」がある。幕府は、寛文十年(一六七〇)に、宗門改めに際して、宗門改帳の作成を指示した。宗門改帳の作成に当たって、住民はキリシタンでない証明のために、必ずどこかの寺の門徒になることを義務づけられた。寺では、宗門改帳に、檀家(だんか)であることを証明する認印をした。これを庄屋が毎年正月に、村民の生死異動による、現在人員の名前を書き上げて作成したのが、宗門改帳である。こうして、強制的に檀那寺と檀家の関係を作り、キリシタン排除の対策として創設されたのが、寺請制度である。