調査は、遺跡の北側部分について昭和五十七年（一九八二）と平成二年（一九九四）、同六年の三度にわたって行われた。昭和五十七年度の調査では、一〇〇平方メートルほどの調査区内から縄文時代後期の住居跡五軒を中心に、古墳時代前期の住居跡の一部が発掘されている。平成二年度に二〇〇〇平方メートルの面積について行われた調査では、縄文時代後期の住居跡三軒、古墳時代前期の住居跡八軒、鍛冶工房（かじこうぼう）跡一基、井戸一基、縄文～古墳時代の土坑（どこう）四〇基余りが検出された。古墳時代の住居跡は、調査区の北西部にまとまっている。平成六年度の調査では旧石器時代を中心に発掘されている。また、昭和六十三年度、平成三年度は、遺跡の南側について調査が行われ、縄文時代後期の遺構を始めとして発掘されている。
遺跡の台地縁辺部は二メートルほど下がり、テラス状の平坦部が続いており、旧石器時代のナイフ形石器が出土している。縄文時代は、早期前半から、後期中葉に至る遺物が発掘されている。集落としては、台地の縁に沿って後期中葉の住居跡があり、それよりやや高い位置に後期前葉の住居が廻るものと考えられる。後期初頭の住居は台地の奥まった地点で発掘されている。こうした、縄文時代の集落と重なり合うように古墳時代前半の集落が広がっている。
古墳時代の集落は、発掘調査された状況でみると台地の縁から一〇〇メートルほど奥まった所までの範囲に住居が分布しているようである。台地が奥に向かって緩やかに傾斜しているからであろうか。平成二年度の発掘調査は、そうした集落のはずれに位置するものと考えられ、中心部ではみられない鍛冶工房をはじめとするさまざまな遺構が確認されている。
1-45 山崎山遺跡全測図（平成2年度）