東部山地の地下深所での火成活動後に、内村層や別所層の堆積域は南側から隆起し、しだいに陸化してきた。この陸化にともなってフォッサマグナの海は、日本海側と太平洋側へと二分された。この北部フォッサマグナの海に堆積したのが青木層や浅川泥岩層（1,200～900万年前）である。

　長野盆地域や西部山地域は、大陸棚から大陸斜面に当たる地域で、海底扇状地などが形成された。ここには、タービダイトからなる砂岩泥岩互層や含礫泥岩が堆積した。この時代の長野市域は海域であったが、当時の堆積物は、長野市域にきわめて小規模に露出しているだけである。