上田農水頭首工で取水している県営水道の原水水質は、比較的汚染度が低いが、岩野から取水している表流水は、取水口の上流約1km地点の右岸に生活排水による汚染度の高い沢山川が流入しており、これが清野浄水場に大きな影響をあたえている。しかし、千曲川流域の下水道の普及や屎尿(しにょう)処理施設の改良などによって千曲川の水質も改善され、アンモニア性窒素濃度も減少傾向にあり、現在年間平均値は0.1mg/Lを下回っている。CODも7mg/L以下となっている。
電導度は、水中に溶存しているイオン量と各イオンの電気を運ぶ速さに支配されるもので、水中の溶存イオンの多少を推測することができるが、その値も200μS/cm以下となっている。