ハリナガミジンコが生息し、オナガミジンコやコシブトカメノコワムシが見られる。
注目すべきことはウログレナの出現である。近年発生が認められるが、今回は12月に見られた。ウログレナは1988年夏、野尻湖で発生し赤潮となった種で、琵琶(びわ)湖・中禅寺湖・湯の湖などで赤潮を起こしているが、大池では赤潮となっていない。この種の発生は中栄養湖クラスで起きていることが多い。
植物プランクトンではこのほか、ヒダサヤツナギとヌマツノモが晩春から夏にかけて、オオヒゲマワリが夏季に出現した。
動物プランクトン21種、植物プランクトン11種が認められた。