シナイモツゴ、ヤリタナゴ、ホトケドジョウ、アカザ、メダカ、カジカなどは、河川のU字溝化やコンクリート化による護岸工事などの急激な環境変化や、オオクチバス（ブラックバス）、ブルーギルなど魚食性の強い外来魚の移殖などによって、そのすみかを追われ、絶滅の危機に瀕している種である。とくにホトケドジョウは、1989年（平成元）以降生息が確認されていない。