長野市内の河川や湖沼には、マルタニシ、ヒメタニシ、スクミリンゴガイ、カワニナ、キタノカワニナ、サカマキガイ、ヒメモノアラガイ、モノアラガイ、ヒラマキミズマイマイなどの巻貝と、カラスガイ、ドブガイ、マシジミ、ドブシジミなどの二枚貝が生息している。