八～九世紀、文献には信濃にいくどとなく天候不順や自然災害が起こったことが書き留められている。承和八年（八四一）には信濃で地震が発生した。一夜に一四回も振動し、国府や郡家の建物をはじめ民家にも大きな被害があったという。この地震による噴砂と思われるあとが、篠ノ井遺跡群（篠ノ井）の住居跡から見つかった。仁和(にんな)四年（八八七）五月には千曲川が氾濫し、いわゆる仁和の大洪水が起こった。その被害は、佐久・小県・更科・埴科・高井・水内の六郡におよんだと文献に記されている。この洪水によると思われる厚い砂に埋もれた水田跡がはじめて確認されたのは、昭和三十六年（一九六一）から四十年におこなわれた更埴市の条里遺構の学術発掘調査であった。現在の水田の下に過去の洪水で埋没した条里水田があることが明らかになったのである。その後、上信越自動車道の建設にともなう広域におよぶ発掘調査によって、更埴条里遺跡のほか石川条里遺跡・川田条里遺跡など善光寺平の水田遺跡が明らかになった（本節二「善光寺平の条里」参照）。

　信濃各地で、八世紀末から九世紀にかけての平安時代のムラのようすも明らかになってきている。その先鞭(せんべん)をつけたのが長野自動車道の松本平（奈良井川以西）での発掘調査であった。そこでは、多くの奈良時代から平安時代の遺構・遺物が発見された。それまで開発の手がおよばなかったこの地域が、この時代にいっせいに開発されていったことが明らかになったのである。

　たとえば、下神(しもかん)遺跡（松本市）からは礎石をもつ大型竪穴建物跡のほか、作業場跡や倉庫跡、また何軒かの小さな竪穴建物跡などが見つかった。「南殿」「西戸舎」という建物の名を記した墨書(ぼくしょ)土器は、「殿」「舎」というふつうの住居とは異なる建物が存在したことを物語っている。さらに、「草茂(くさも)」と記された墨書土器が発見され、それが文献史料に「信濃国筑摩郡蘇我(そが)郷字草茂庄」とあることと一致することから、ここが「草茂荘」という荘園の管理をおこなう地元の有力者の居館跡であることがわかった。また、吉田川西遺跡（塩尻市）の一〇世紀の墓跡からは、緑釉(りょくゆう)陶器・灰釉(かいゆう)陶器・土師(はじ)器・銅鏡・漆箱(うるしばこ)などがセットになって出土した。奈良・平安時代には、上位から金属器・漆器・陶器・土器の順で身分によって使用できる食器が異なっていたから、この墓に葬られた人は、地方にいながらも、貴族の用いる陶器を所持できる実力を有していたことがわかったのである。緑釉陶器は信濃各地の平安時代の遺跡から見つかっており、善光寺平でも南宮遺跡で大量の緑釉陶器が出土している。緑釉陶器は、かつては役所や寺院跡などから出土するものと考えられた時期もあったが、高速道路などの建設にともなう発掘調査の進展で、九世紀末から一〇世紀の集落からはかならず出土することがわかってきた。

　長野自動車道・上信越自動車道・北陸新幹線の建設を契機におこなわれた善光寺平の大規模発掘調査でも、こうしたようすは裏づけられつつある。篠ノ井遺跡群では、千曲川によって形成された自然堤防上に、弥生時代以来、集落が連綿と形成されたことがわかった。また、松原遺跡（松代町）では、九世紀後半から一〇世紀にかけて集落を環壕状の溝が囲み、精錬炉状の遺構や仏具の鋳造遺物が見つかった。これにつづく一〇～一一世紀の時期には、これまで開発の手がおよばなかった川中島扇状地の扇端部に集落が密集するようになる。

　南宮遺跡（篠ノ井東福寺）からは、八稜鏡四面、帯金具(おびかなぐ)、火熨斗(ひのし)、「宗清」と記された陶製の私印などの遺物も出土し、ここが当時勢力をもちつつあった有力者を中心とする集落であったことを示している。篠ノ井遺跡群などの自然堤防上に立地していた集落が、川中島扇状地へと、その開発の対象を拡大していったことがわかる。

　榎田(えのきだ)遺跡（若穂綿内）は、古墳時代を中心とする集落遺跡であるが、平安時代はじめの九世紀後半から一〇世紀にかけての溝から、収穫物の数量を日ごとに記した記録木簡が出土した。この遺跡は、文献史料には残らなかった荘園の遺跡であるか、または郷の収穫物を収納・管理する施設がおかれていた集落であった可能性が考えられる。

　平安時代の九世紀には、信濃各地の農村で耕地の荒廃や百姓の没落がすすみ、それまで村々をとりまとめてきた郡司は伝統的な権威のみでは支配をつづけることができなくなった。郡司の一族のなかにはこうしたなかで没落するものがあらわれるが、いっぽうで百姓に稲を貸しつけたり納税を代納する「富豪の輩(ともがら)」すなわち富裕(ふゆう)者、新興有力者が台頭する。信濃の場合、郡司一族が平安時代に入っても支配を維持することが多かったが、また国司である橘良基(たちばなのよしもと)と争った筑摩郡人の辛犬甘秋子(からいぬかいのあきこ)のような新興有力者もいた。政府はかれらに郡政を請け負わせて地方政治の立て直しをはかった。貞観四年（八六二）に埴科郡大領金刺舎人正長(だいりょうかなさしのとねりまさなが)が外(げ)従七位上から従五位下に、小県郡権少領他田舎人藤雄(ごんのしょうりょうおさだのとねりふじお)が外正八位下から外従五位下に叙(じょ)されたように、五位の郡司が登場し、有力者による郡政の請け負いが政府の政策として推し進められた。八世紀後半から九世紀にかけて松本平を中心にすすめられた未開地の再開発、八世紀後半から九世紀初頭ころに善光寺平ですすめられた条里水田の再開発などは、こうした郡司や新興有力者層を国衙が組織してすすめた事業であったのではないかと考えられる。

　いっぽう、貞観五年に諏訪郡人の右近衛将監(うこのえのしょうげん)正六位上金刺舎人貞長(さだなが)が「大朝臣(おおのあそん)」に改姓し、貞観八年には外従五位外に叙されるなど、信濃の郡司をつとめていた金刺氏の一族のなかで、信濃の地を離れ都を拠点として活動する人びともいた。こうした動きは、すでに天長五年（八二八）に筑摩郡の錦部(にしごりべ)氏が高橋姓を得て本籍を信濃から京都の左京に移したり、貞観九年に高井郡の従八位上物部善常が山城国（京都府）紀伊郡に本籍を移したりしており、信濃の本籍を離れ、都で中央官人としての道を歩みはじめる人びともいた。こうしたなかで、信濃の古代豪族を代表する金刺舎人氏・他田舎人氏などの名は、一〇世紀以降文献史料の上から姿を消すのである。

　ところで、八世紀から九世紀にかけて飛躍的に増加した集落は、九世紀末になると急速に衰退に向かう例が多いことが知られるようになった。これは、信濃に特有のことではなく、時期に多少のずれはあるものの全国的な動向でもあることが明らかにされつつあり、九世紀末から一〇世紀にかけてのころに、全国的な規模で大きな社会変動がおこったことが推定されている。この変動のなかで、つぎの時代をになう兵(つわもの)（武士）が姿をあらわすのである。