村上氏以外で、信濃とかかわり深い清和源氏といえば、はじめ佐久郡平賀(ひらが)郷（佐久市）を拠点として領主化しつつあった佐久源氏が知られる。義家の弟義光の子、盛義を祖とする流れで、『尊卑分脈』によると、この一族のなかには平賀氏のほかに岡田・佐々毛(ささげ)（捧）・犬甘(いぬかい)・小野・飯沢など筑摩郡の地名を名字とするものがいるから、しだいに国府のある筑摩郡の荘園・公領に進出していったらしい。のち頼朝政権下で厚遇されて、承久(じょうきゅう)の乱では京方についたために滅んだ大内氏もこの一族であった。

　いっぽう、北信でもっとも繁栄した源氏一族といえば、頼信の三男頼季（頼義・頼清の弟）に始まる井上氏である。高井郡井上郷を拠点に在地領主として発展していった同氏は、『尊卑分脈』によれば頼季およびその子の満実（家季とも）のところに、すでに「住信濃国」と記されているから、この地に定着した時期はかなり早かっだのではないかとみられるが、その事情ははっきりしない。

　ただ、井上氏の一族には、同書によれば井上郷周辺の諸郷である米持(よなもち)・須田・高梨・芳美(はみ)・矢井守(やいもり)（八重森）・楡井(にれい)（以上、須坂市）を名字とするものがおり、さらに村山郷によった村山氏も同族とみられるように、大部分は荘園ではなく公領（国衙領）を基盤としていた。しかも、井上郷などが『和名抄(わみょうしょう)』に記載のない中世的な郷であった点などからすると、もともと開発領主としてこの地に定着したことがうかがわれ、その背後には国司・国衙とのかかわりがあったことが推定される。

　また、現在の長野市内に所領があったとみられる源氏としては、水内郡若槻(わかつき)荘から発展した若槻氏があげられるが、これについては若干の考証が必要かもしれない。若槻荘は平安末期に京都の証菩提院(しょうぼだいいん)領の荘園として成立した。証菩提院は天仁(てんにん)二年（一一〇九）、堀河天皇の中宮篤子内親王の御願(ごがん)で法成寺(ほうじょうじ)の南に建立された寺院である。平安後期、当荘に在地領主かいたことは、『戸隠山顕光寺流記(るき)』によると、第二十一代別当行覚（一二世紀中ごろの人）のところに「若槻兵庫禅師から灌頂(かんじょう)を授かった」という意味の記述がある点から知られる。当時、戸隠別当は主に井上氏や村上氏の一族から輩出していた事実に示されているように（後述）、山内の有力僧は周辺荘郷の領主層出身者で占められていたらしく、この若槻兵庫禅師もおそらく若槻荘の領主一族の出とみられる。

　ただ、この段階の若槻氏の本姓は不明で、鎌倉期以降に登場する清和源氏の若槻氏と系譜的につながるかどうか、従来は確証があったわけではなく、どちらかといえば、後者の若槻氏は鎌倉時代になってから、はじめてこの地を所領として得たとする見方が主流であった。この若槻氏は源義家の七男義隆を祖とし、その子頼隆は「毛利冠者(かんじゃ)」とよばれていて（『吾妻鏡』。なお、『尊卑分脈』では義隆を「森冠者」とするが、森は毛利のことである）、平安末期には相模(さがみ)国（神奈川県）の毛利荘（鎌倉時代に大江氏が地頭となる）を所領としていたことも、その点を補強する根拠とされていたようである。

　ところが、近年紹介された建治(けんじ)元年（一二七五）の内容をもつ「六条八幡宮造営注文」（国立歴史民俗博物館蔵）によれば、信濃国の筆頭部分に頼隆の二人の子、頼胤(よりたね)と頼定に該当する「若槻下総(しもうさ)前司」と「若槻伊豆前司跡」の記載があり、若槻氏が信濃国の根本領主に由来する国御家人(ごけにん)として把握されていたことが判明した。若槻頼隆が承久二年（一二二〇）には、早くも戸隠顕光寺に仏具を寄進したと伝えること（『戸隠山顕光寺流記』）も、この点と関係があろう。

　頼隆は源頼朝と血縁的にも近い間柄(あいだがら)で、鎌倉幕府の開創当初、頼朝の側近として行動していた。このように鎌倉に本拠を構えるほどの家柄であったにもかかわらず、若槻荘を本領としていたことは、同荘の領有が単なる地頭職(しき)の補任（新恩給付）によるものではなく、旧領回復であったことを示唆しているのではなかろうか。つまり、源義隆はかつて相模国毛利荘とともに、信濃国若槻荘を所領としていた可能性もあるのである。当時、有力武士が複数の所領をもつことは珍しくなく、同じく清和源氏で、頼朝の旗揚げ以前から信濃国佐久郡の有力武士と目されていた大内惟義(これよし)（平賀義信の子）が、伊賀国（三重県）にも所領があってその大内荘を名字の地としていたことも、これと同様の例であろう。源義隆が信濃とかかわりをもった端緒は不明だが、北信に多くの所領をもつ平正弘の父である貞弘（この兄の正家は信濃守を歴任）の母は、源義家の妹で、義隆と正弘は義理の従兄弟(いとこ)にあたっていたこともいちおう注意される。義隆がこれらの所領を失っだのは、平治(へいじ)の乱で源義朝にしたがって敗死したためと思われるが、この点についてはあとでふれる。なお、若槻氏からはその後、荘内押田郷（浅川押田付近）や多胡(たこ)郷（若槻田子）によった押田氏や多胡氏、さらに頼定の系統からは西条氏などが分出している。