明治三十年代における千曲川水系の水害はほとんど毎年くり返されたが、とくに被害の大きかったのは二十九年（一八九六）・三十年・三十九年・四十年であった。たび重なる千曲川と犀川の洪水による被害額は表52のようであり、毎年かなりの被害があり復旧工事をふくめると、三十七年度から一〇ヵ年平均で一年間に一五八万六六五四円にのぼった。

　千曲川とその支流は自然堤防に頼る無堤地が多く、構造も弱く、川幅も一定でなく、被害を受けやすかった。千曲川水系の洪水は、春期融雪による三～五月上旬、夏秋の暴風雨の襲来による七～九月に集中した。

　明治三十一年の場合は、九月六日午後〇時四五分から同四時三〇分まで断続的に降雨があり、さらに同四時五〇分から翌七日午前四時四〇分にいたるあいだ、暴風雨を交え間断なく降雨した。長野測候所の調査によれば、降雨時一四時間に総降雨量は六五ミリメートルに達し、三・三平方メートルあたり約二百リットルであった。そのために県下各河川の増水は激しく、とくに千曲川支流の、大石川・大日向川・滑津(なめつ)川・相木川（南佐久）、鹿曲(かくま)川・湯川（北佐久）、神(かん)川・依田川（小県）、聖(ひじり)川（更埴）、関屋川（埴科）、裾花川・浅川（上水内）、松川・鮎川・市川（上高井）、夜間瀬(よませ)川（下高井）などは非常に出水し、それらの川が千曲川に暴流し、増水約六メートルに達したところもあった。南信においては天竜川の増水が激しく、上下伊那の被害は大きかった。それに比して木曽川・犀川の出水は少なく、その流域の被害も少なかった。

　明治三十一年九月六日から九日の水害の実態は表53のようで長野市域の被害が大きかった。

　埴科郡松代町の場合は寛保(かんぽう)二年（一七四二）以来の大洪水で、殿(との)町はおよそ三分の二以上の家屋が床上浸水し、同町海津座は松代町の避難所にあてられ、避(ひ)病院は床上浸水し患者も一時移転を余儀なくされた。清須町にある、松代尋常・高等小学校の両校ともに膝上(ひざうえ)までの水量となり、高等小学校は床上に浸水し、机・腰掛けの類も押し流されようとした。馬喰(ばくろう)町は、全般的に浸水は床上一メートルから二メートルにおよび、惨状を呈し、戸障子は流失し、壁は落ち、畳の類も大部分は片づけることができなかった。紙屋町は神田川が氾濫(はんらん)、突入してくる筋道にあたるので、すべての家屋が床下浸水となった。伊勢町の町役場、六工社なども床下浸水となり、中町も約三分の一が床下浸水となった。荒神(こうじん)町は床上三〇センチメートルから一メートル以上の浸水となった。その他の町は、無事かそれとも比較的軽微な被害であった。

　塩崎・篠ノ井方面の水害の原因は、千曲川本流と支流の聖川であった。千曲川の激流は稲荷山の東北から西北に進み、松節(まつぶし)（塩崎）の長堤を決壊させ篠ノ井を襲った。いっぽう、塩崎村字山崎と同角間(かどま)の境を流れる聖川が満水となり、千曲川と合流して前記の二地区を侵した。その結果、一面の床上浸水となり、鉄道線路は寸断され、松節から篠ノ井御幣川(おんべがわ)にいたる広大な水田と桑園は泥海と化した。

　長沼村の場合は、県道須坂街道を乗り越えて流入した柳原方面からの大水に侵され、五三七ヘクタールの田畑が浸水し、水量の多いところは稲の上一メートル以上の高さになり、収穫皆無の水田面積は一〇〇ヘクタール以上にのぼった。浸水した家屋は総戸数五三七戸のうち四五〇戸（八四パーセント）に達した。長沼村にかかわる堤防のうち、七ヵ所は決壊の危険にさらされたが、村長住田園三郎以下村民の必死の尽力と、隣村古里村の金箱・下駒沢の消防夫五〇人の来援により、危険箇所約三百メートルの区間を防御した。なお、防御にあたっては、近くの西厳寺の畳を持ちだし、ついたてとして水を防いだなどの逸話も残っている。学校は臨時休校となり、役場は学校内に仮設して事務を遂行した。

　上水内郡内でもっとも水害の大きかったのは柳原村であった。同地籍の山王堰に千曲川から大量の水が逆流したところへ、上流の大豆島(まめじま)村の堤防が決壊した水が流入したのである。さらに、朝陽村の堤防を破った水がそこに加わったために、柳原地籍の全堤防一一ヵ所が決壊し、その下の一夜堤防まで突き崩した。一夜堤防は、八幡川の悪水路の激流を防ぐために築いたものであったが、今回はその反対の方向から水がきたため、その水をたたえて堤防が切れたのである。そのために県道須坂街道が四ヵ所にわたって分断され、交通が途絶した。柳原村は、総戸数三三三戸のうち三一九戸が浸水し、三一三戸が床上浸水となり、被害の大きさは、布野、中俣(なかまた)、村山、小島の順であった。浸水した田畑は三〇二ヘクタールにおよんだ。村役場も浸水し、行政事務は学校を仮用しておこなわれたが、その学校も床上浸水し、二階を事務所とした。村長以下村職員は、自家が浸水中にもかかわらず水害対策に奔走した。

　裾花川の出水は鳥居川についで多く、長野電燈会社発電所において三メートル余の増水となり、濁水が発電所内に侵入し、停電のやむなきにいたった。丹波島の近くの九反(くたん)堤防も決壊し、約三十ヘクタールの水田と四〇戸以上の民家が浸水した。

　更級郡川柳村地籍も、大当(おおとう)・方田(ほうだ)・中条地区が、千曲川とその支流の岡田川の氾濫により大きな被害を受けた。浸水戸数一一七戸、人口六八四人、一メートル余の床上浸水は一一四戸であった。この地域は、信越線・篠ノ井線の分岐点にあたり、交通上の要衝であった。

　明治二十九年の大水害につづいての三十一年の水害により、根本的な千曲川水防対策のための基礎調査が不可能となり、千曲川改修工事の着手は大正期まで見送られることになったが、当面の応急工事は必要であり、それと将来的な復旧工事とのかねあいの問題が課題となった。

　たとえば、上水内郡を中心とした千曲川沿岸の恒常的な大水害をなくすためには、柳原地区の一夜堤防のような一時的な応急処置ではなく、以前からの懸案である上流の大豆島村対岸の万年島の堤防を堅固にすべきであるとの提言もなされるようになった。この場所に大堤防を築くことによって、近隣の朝陽・柳原はもちろんのこと、下流の長沼地区までの水害は解消されるとの抜本策である。この堤防さえ決壊しなければ、千曲川から山王堰・八幡堰の悪水路に逆流したくらいの水では大水害にはならないとの意見である。しかし、万年島に一大堤防を築くためには、河川改修の総合計画を立て、大豆島・朝陽村からの苦情が出ないような対策が望まれたのである。これが実現をみるためには約二十年間の歳月を要した。

　明治三十九年八月十二日午前六時ごろ、更級郡更府村（長野市）字湧池の田畑原野約二十ヘクタールの地すべりが発生した。そのうち約二ヘクタールが犀川に崩落し、一時的に停水状態となり、大被害を予測した上水内郡役所は職員を現場に急行させ、下流沿岸一〇ヵ村に非常警戒の通報措置をとった。しかし、水勢のために、幸い二～三時間にして犀川の閉塞(へいそく)状態は解消した。この場所は、弘化(こうか)四年（一八四七）三月二十四日の善光寺大地震のさい、同地の岩倉山（虚空蔵(こくぞう)山）付近の地所約数十ヘクタールにわたって地すべりを起こし、このため犀川の流れがとまり、昼夜二一日間におよび上流の二〇ヵ町村が、せきとめられた濁水に水没したという悲惨な歴史があった。この震災の結果、岩倉山の中腹に大留水池ができ、そのために畑地が良水田に変化したが、南端は急激な断崖(だんがい)となりときどき地すべりをくりかえしてきた。前年の三十八年の秋にも大きな崩落があり、今回はそれにつづくもので、岩倉山の中腹に大亀裂が発生し、翌年も一～二メートルの地すべりが観測された。

　長野県は岩倉山の地すべりを憂慮して、東京理科大学の神保理学博士に実地踏査を依頼、三十九年十一月二十二日に同博士による検分がおこなわれた。その報告書は、「崩落の地籍は地質学上からみて第三紀層に属し、欠壊した岩片や土砂も明らかに安山集塊岩である。崩壊地は、やわらかい粘土のように雨後の浸水等によってたやすく広大な崩壊をもたらすことは考えられない。ここ湧池地区の表土は、弘化四年の大地震の崩壊による土砂におおわれているが、現在その地盤は安定しているので、その土地を切り取ったりすれば地盤の平均を失い地割れを生ずるおそれがある」としている。したがって、崩壊部に発生したいくつもの湧水を一筋に整理すること以外は、工事をすべきでないとの結論であった。