貞享五年（元禄(げんろく)元年・一六八八）から慶応(けいおう)三年（一八六七）までの一八〇年間、長沼は幕府領（天領）であった。幕府の直轄地である。領主、代官支配のもとに、村方三役（名主・組頭・百姓代）の組織、五人組制度があり連帯責任で年貢を納めたりした。

　寛保(かんぽう)二年（一七四二）成(いぬ)年の「戌の満水」といわれた大水害に、住民は深刻な打撃を受け、他地区へ移住した人たちもあった。水害後に幕府は千曲川の国役普請をおこない、直轄工事を実施している。その後も、安永(あんえい)五年（一七七六）三月六日から五月四日までの普請(ふしん)があり、天明(てんめい)元年（一七八一）の水害のときには、同二年三月から四月二十一日まで幕府役人今井勘助・猪又直之進が来て監督し普請をおこなった（大町方面）。天明七年水害のときは、十月から十二月まで普請をした。天保(てんぽう)八年（一八三七）の水害のとき、村山一里塚以北四三五間（七九一メートル）の普請（千曲川普請と呼ばれた大普請）がおこなわれている。長沼地区では、たびたび重なった水害の体験をいかして、ふだんから水害に備えて、建物の敷地を土盛りや石垣で高くし、二階とか屋根裏をつくり、筏(いかだ)を組める材料を屋根裏に備えておく。大麦粉（こうせん）・米の粉・いり豆も用意しておいた。

　元禄十五年（一七〇二）郷帳の、長沼地区の石高は四二六七石余、天保五年（一八三四）の郷帳では、四三八八石余で、一三二年間に一二一石余増えている。洪水のつど耕地が川欠(かわかけ)や不毛の地となりながらも、これを克服してきた。水災常襲地の千曲川べりは村の共有地の割り地として、災害を平均化した。

　赤沼は天和(てんな)三年に、幕府領になり、以後幕末まで幕府の直轄地であった。ただし、正徳(しょうとく)元年（一七一一）から五年にかけて飯山領主青山大膳亮預り所となり、明和(めいわ)五年（一七六八）から七年までは越後高田藩榊原氏の預り所となった。また、慶応元年に松代藩真田氏の預り所となって明治におよんでいる。