芋井地区は戦前は全村一学区で、村内はすべて芋井小学校の学区であった。地域が広いため本校のほかに第一（影山）・第二（広瀬）・第三（富田）の三つの分校があったが、交通事情の好転や児童生徒数の減少にともなって学区が変更された。第三分校は昭和四十一年（一九六六）三月に閉校して城山小学校へ、第二分校は同五十一年三月閉校して本校へ、荻久保地区は西部中学校・加茂小学校へそれぞれ編入された。戦後の開拓にともなって飯綱高原に設置された飯綱原分室も同四十六年に廃止され、城山小学校へ編入された。麓原(ふもとばら)の栄峰(えいほう)は戸隠村へ委託通学している。これほど学区が多い地区も珍しい。